De relatieve rol van extracorporale schokgolf lithotripsy en percutane nefrostolithotomie wordt momenteel bediscussieerd. Beide behandelingsmethoden zijn geschikt voor de meeste calculi in de bovenste urinewegen. Er zijn echter enkele belangrijke verschillen tussen de 2 technieken. Over het geheel genomen wordt extracorporale schokgolflithotripsie geassocieerd met een aanzienlijk lagere morbiditeit dan percutane nefrostolithotomie, maar het steenvrijheidspercentage is lager voor extracorporale schokgolflithotripsie dan voor percutane nefrostolithotomie. Dit verschil is gering voor nieren met een minimale steenlast, maar neemt recht evenredig toe met de toenemende steenlast. De morbiditeit van extracorporale schokgolf lithotripsie neemt ook toe naarmate de steenlast toeneemt. Bij de behandeling van staghorn calculi is de morbiditeit van beide technieken vergelijkbaar, maar de steenvrije percentages zijn significant beter bij percutane nefrostolithotomie.
Behandeling met extracorporale schokgolf lithotripsie veroorzaakt veranderingen in de nier die vergelijkbaar zijn met die van een renaal trauma, voornamelijk bestaande uit intraparenchymale en perirenale bloedingen en oedeem. Hoewel de acute effecten van extracorporale schokgolf lithotripsie door de meeste patiënten goed worden verdragen, zijn de langetermijneffecten van deze vorm van therapie nog niet goed vastgesteld. Mogelijke nadelige effecten op lange termijn zijn onder meer verlies van nierfunctie, hypertensie en een verhoogde kans op het ontstaan van nieuwe stenen. Het effect van schokgolven op het nierparenchym bij proefdieren is dosisafhankelijk (aantal schokgolven). Magnetische resonantie beeldvorming van patiënten behandeld met extracorporale schokgolf lithotripsie toont morfologische afwijkingen in of rond de nier in 63 tot 85 procent van de gevallen (gemiddeld aantal schokgolven 1.200). Ondanks deze waarnemingen moeten de veilige grenzen van extracorporale schokgolf-lithotripsie bij de mens nog worden vastgesteld. Verder onderzoek met betrekking tot deze kwestie en de mogelijke schadelijke effecten op lange termijn van extracorporale schokgolf lithotripsie is dringend noodzakelijk.