Rev. Dr. William J. Simmons werd als slaaf geboren in Charleston, South Carolina, als zoon van Edward en Esther Simmons op 29 juni 1849. Toen William nog jong was, ontvluchtte zijn moeder de slavernij met haar drie kinderen, William en zijn twee zusters Emeline en Anna. Zij landden aanvankelijk in Philadelphia, PA, en werden opgewacht door een oom genaamd Alexander Tardiff, die hen onderdak bood, hen voedde en de kinderen onderrichtte. Onder druk van slavenhandelaars verhuisde Tardiff zijn uitgebreide familie naar Roxbury, Pennsylvania, Chester, PA, en vestigde zich uiteindelijk in Bordentown, New Jersey. Tardiff had onderwijs genoten van de toekomstige bisschop Daniel Payne en nam zich voor Simmons en zijn broers en zussen op die basis onderwijs te geven. Van 1862 tot 1864 ging William in de leer bij een tandarts. Hij diende in het leger van de Unie tijdens de Amerikaanse Burgeroorlog, waar hij op 15 september 1864 in dienst trad en een jaar diende. Hij nam deel aan het beleg van Petersburg, de Slag bij Hatcher’s Run en de Slag bij Appomattox Court House en was aanwezig bij de overgave van de Geconfedereerde Generaal Robert E. Lee. Na de oorlog keerde hij terug naar de tandheelkunde. In 1867 bekeerde hij zich tot het baptisme en sloot zich aan bij een blanke baptistengemeente in Bordentown onder leiding van dominee J.W. Custis. De gemeente hielp hem met zijn studie. Hij bezocht de Madison University (nu Colgate University, afgestudeerd in 1868), de Rochester University en de Howard University, waar hij in 1873 afstudeerde met een bachelor’s degree. Als student werkte hij korte tijd in Washington D.C. aan de Hillsdale School. In Hillsdale ging hij inwonen bij de medewerker van het Smithsonian Institute, Solomon G. Brown. Na zijn afstuderen verhuisde hij op aanraden van Horace Greeley naar Arkansas om daar leraar te worden, maar keerde kort daarna terug naar Hillsdale waar hij tot juni 1874 lesgaf.
De zomer daarop trouwde hij op 25 augustus 1874 met Josephine A. Silence en verhuisde naar Ocala, Florida. Het echtpaar kreeg zeven kinderen, Josephine Lavinia, William Johnson, Maud Marie, Amanda Moss, Mary Beatrice, John Thomas, en Gussie Lewis. In Florida investeerde hij in land om sinaasappels te verbouwen, werd directeur van de lerarenopleiding van Howard Academy en diende als pastoor van een kerk, plaatsvervangend districtsgriffier en districtscommissaris. Hij voerde campagne voor de Republikein Rutherford B. Hayes. Hij diende daar tot 1879. In dat jaar werd hij tot priester gewijd en verhuisde naar Lexington, Kentucky, waar hij voorganger was van de First Baptist Church. Het jaar daarop werd hij de tweede president van het Kentucky Normal and Theological Institute, waar hij een decennium lang werkte. De school werd uiteindelijk omgedoopt tot de State University of Louisville en later tot Simmons College of Kentucky, naar Simmons, vanwege de vooruitgang van de scholen onder zijn ambtstermijn. Hij werd in 1894 aan het Simmons College opgevolgd door Charles L. Purce.
In Kentucky werd hij enkele jaren verkozen tot voorzitter van de State Convention of Colored Men. Op 29 september 1882 werd hij gekozen tot redacteur van het tijdschrift, de American Baptist, waar hij kritiek uitte op het falen van beide politieke partijen om zwarten te steunen in hun burgerrechten en vooruitgang. Hij was ook voorzitter van de American Baptist Company. In 1886 werd hij verkozen boven T. Thomas Fortune tot voorzitter van de Colored Press Association, nadat hij het jaar daarvoor had verloren van W. A. Pledger. In 1883 organiseerde Simmons de Baptist Women’s Educational Convention, en in 1884 benoemde Blanche Bruce Simmons tot commissaris voor de staat Kentucky op de wereldtentoonstelling van 1884 in New Orleans. In 1886 organiseerde hij de American National Baptist Convention, waarvan hij voorzitter werd. De conventie was een oproep tot Afro-Amerikaanse Baptisten eenheid en werd ook geleid door Richard DeBaptiste en had opmerkelijke presentaties van Solomon T. Clanton en James T. White. In 1889 in Indianapolis was Simmons een leider op de Amerikaanse Nationale Baptisten Conventie en schreef hij een resolutie om hulp te bieden aan zwarten die het geweld in het Zuiden ontvluchtten en naar het Noorden trokken.
Simmons ontving een eredoctoraat van Howard University in 1881 en een eredoctoraat van Wilberforce University in 1885. In 1887 publiceerde hij een boek getiteld Men of Mark: Eminent, Progressive and Rising, waarin de levens van 172 prominente Afro-Amerikaanse mannen worden belicht, terwijl hij voorzitter van de school was. Hij werkte aan een zustereditie van de titel waarin de levens en prestaties van prominente Afro-Amerikaanse vrouwen van voor 1900 zouden worden belicht, maar overleed helaas voor de voltooiing ervan. Hij stierf op 30 oktober 1890 in Louisville, Kentucky.