Hun verspreidingsgebied is verkleind door overbevissing en vernietiging van habitats als gevolg van mijnbouw, begrazing en houtkap, en de populatiedichtheid is afgenomen door concurrentie met niet-inheemse beekforel, bruine forel en regenboogforel sinds deze werden geïntroduceerd in de late 19e en vroege 20e eeuw. De ernstigste huidige bedreigingen voor de ondersoort zijn echter de kruising met geïntroduceerde regenboogforel (resulterend in stekelbaarzen) in het ecosysteem Greater Yellowstone, de aanwezigheid van meerforel in Yellowstone en Heart lakes in Yellowstone National Park, die de cutthroatforel tot een lengte van 15 inch als prooi hebben, en diverse uitbraken van de kolonieziekte in belangrijke zijrivieren van de paai.
Hoewel meerforellen werden vastgesteld in Shoshone en Lewis meren in de Snake River drainage door U.De aanwezigheid van meerforellen is waarschijnlijk het gevolg van toevallige of illegale introducties.
Door periodieke droogte in het Yellowstone-gebied staan verschillende zijrivieren waar kuitschildpadden paaien in de nazomer droog, waardoor zij niet naar het Yellowstone Lake kunnen migreren en een gemakkelijke prooi vormen voor roofdieren, zoals meeuwen en pelikanen. Door deze bedreigingen zijn de populaties van deze vissoort in Yellowstone Lake en de aangrenzende delen van de Yellowstone River sterk gedaald. Momenteel zijn de sterkste populaties te vinden in de Grand en Black Canyons van de Yellowstone River en in de belangrijkste zijrivier van de Yellowstone in Yellowstone Park, de Lamar River en haar zijrivieren. Pogingen van milieuactivisten in 2004 om de U.S. Fish and Wildlife Service de ondersoort op de lijst van bedreigde soorten te laten plaatsen, werden door het agentschap afgewezen, omdat er al grote inspanningen worden gedaan om het voortbestaan van deze ondersoort te garanderen. Alle Yellowstone cutthroat forellen die in het Yellowstone National Park worden gevangen, moeten worden teruggezet. Populaties buiten het nationale park zijn onderworpen aan verschillende regelingen, afhankelijk van de locatie van de stroom of waterweg.