A pequena subunidade (SSU) 18S rRNA gene é um dos genes mais frequentemente utilizados em estudos filogenéticos e um importante marcador para a reacção aleatória em cadeia da polimerase alvo (PCR) no rastreio da biodiversidade ambiental. Em geral, as sequências do gene rRNA são de fácil acesso devido às regiões de flanco altamente conservadas, permitindo o uso de primers universais. A sua disposição repetitiva dentro do genoma fornece quantidades excessivas de DNA modelo para PCR, mesmo nos organismos mais pequenos. O gene 18S é parte do núcleo funcional ribossômico e está exposto a forças seletivas similares em todos os seres vivos. Assim, quando os primeiros estudos filogenéticos em larga escala baseados em sequências de 18S foram publicados (por exemplo, por Field et al., 1988), o gene foi celebrado como o principal candidato para a reconstrução da árvore metazoária da vida. As seqüências 18S mais tarde forneceram evidências para a divisão dos clades Ecdysozoa e Lophotrochozoa (grupo monofilético de organismos composto por um ancestral comum e todos os seus descendentes lineares), contribuindo assim para a mais recente mudança revolucionária em nosso entendimento das relações metazoárias.
Durante a última parte dos anos 2000, e com o aumento do número de táxons incluídos nas filogenias moleculares, no entanto, dois problemas se tornaram aparentes. Primeiro, existem impedimentos de seqüenciamento predominantes em representantes de certos taxa, tais como as classes de moluscos Solenogastres e Tryblidia, taxa bivalves selecionados e a classe de crustáceos enigmáticos Remipedia. A falha na obtenção de 18S sequências de taxa única é considerada um fenómeno comum, mas raramente é relatada. Em segundo lugar, ao contrário das grandes esperanças iniciais, 18S não consegue resolver nós em todos os níveis taxonómicos e a sua eficácia varia consideravelmente entre clades. Isto tem sido discutido como um efeito da rápida radiação antiga em curtos períodos. Pensa-se que as análises multigenes dão atualmente resultados mais confiáveis para rastrear eventos de ramificação profunda em Metazoa, mas a 18S ainda é amplamente utilizada em análises filogenéticas.