Germinação hipogeal implica que os cotilédones permaneçam abaixo do solo. O epicótilo (parte do caule acima do cotilédone) cresce, enquanto que o hipocótilo (parte do caule abaixo do cotilédone) permanece o mesmo em comprimento. Desta forma, o epicótilo empurra a plúmula acima do solo.
Normalmente, o cotilédone é carnudo, e contém muitos nutrientes que são usados para a germinação.
Porque o cotilédone fica debaixo da terra, é muito menos vulnerável, por exemplo, a geada nocturna ou ao pastoreio. A estratégia evolutiva é que a planta produz um número relativamente baixo de sementes, mas cada semente tem uma chance maior de sobreviver.
Plantas que mostram germinação hipogeal precisam relativamente pouco no caminho dos nutrientes externos para crescer, portanto são mais frequentes em solos pobres em nutrientes. As plantas também precisam de menos luz solar, assim elas podem ser encontradas mais frequentemente no meio das florestas, onde há muita competição para alcançar a luz solar.
Plantas que mostram germinação hipogeal crescem relativamente devagar, especialmente na primeira fase. Em áreas que são regularmente inundadas, elas precisam de mais tempo entre as inundações para se desenvolverem. Por outro lado, elas são mais resistentes quando uma inundação ocorre. Após a primeira fase mais lenta, a planta desenvolve-se mais rapidamente que as plantas que mostram germinação epigeal.
É possível que dentro do mesmo gênero uma espécie mostre germinação hipogeal enquanto outra espécie mostre germinação epigeal. Alguns gêneros em que isto acontece são:
- Phaseolus: o feijão verde (Phaseolus coccineus) mostra germinação hipogeal, enquanto o feijão comum (Phaseolus vulgaris) mostra germinação epigeal
- Lilium: ver Tipos de germinação de sementes de lírio
- Araucária: espécies na seção Araucária mostram germinação hipogeal, enquanto espécies na seção Eutacta mostram germinação epigeal