O corte seletivo é a prática de remover apenas uma ou duas espécies de árvores de uma determinada área. Como mencionado anteriormente, a exploração seletiva é um método mais eficiente quando comparado ao corte seletivo, mas ainda há impactos negativos. A exploração seletiva na floresta amazônica passou da exploração em baixo volume de uma ou duas espécies para um sistema que pode extrair várias espécies e permanecer rentável. É um dos muitos usos da terra no desenvolvimento de fronteiras na Amazônia. No entanto, o crescimento desta indústria não está correlacionado com um manejo eficiente e melhores técnicas de colheita. Embora haja muitos avanços no manejo florestal, como a exploração de madeira de impacto reduzido (EIR), eles não têm sido amplamente adotados. Várias razões para a preferência por técnicas prejudiciais de exploração seletiva em detrimento do EIR incluem: direitos de propriedade não claramente declarados, altos custos de transação governamentais e falta de informações acessíveis sobre técnicas de manejo florestal. O EIR também afeta a regeneração de árvores porque cria espaços menores nas copas que restringem a luz natural que as árvores regenerativas precisam para sobreviver.
Duas formas de obter permissão para explorar florestas na Amazônia brasileira são através de planos de manejo florestal regulados por políticas e desmatamento. Quase 15 milhões de m3 de madeira foram registrados através dessas permissões entre 2000 e 2004, mas mais de 24 milhões de metros cúbicos (850×106 cu ft) foram registrados entre 1998 e 2004. Grande parte da produção desses anos veio do corte ilegal de madeira. A exploração madeireira ilegal leva à perda de impostos governamentais e ao fraco avanço econômico nos setores relacionados à exploração madeireira. Além disso, a exploração ilegal resulta em florestas empobrecidas, perda de biodiversidade e aumento da probabilidade de incêndios.
A intensidade com que todas as operações de exploração madeireira são exploradas tem um efeito direto no avanço ecológico. Inicialmente, a cobertura florestal do dossel diminui como resultado da exploração seletiva, o que leva a um abrandamento do crescimento da floresta, dos processos hidrológicos e do suprimento de alimentos. Além de alterar a estrutura da floresta, a exploração seletiva também altera o ciclo do carbono e outros processos biogeoquímicos importantes que ajudam a controlar e manter a produtividade da floresta. Os efeitos da exploração seletiva podem ser divididos em três componentes principais, danos ao solo como resultado das operações de colheita, padrões temporais da fração de folhagem dentro de cada categoria de danos ao solo e mudanças temporais na fração de folhagem resultante de árvores derrubadas. A fração de folhagem do dossel é o efeito integrado de várias propriedades biofísicas dependentes da escala que fornecem informações sobre a abertura do dossel após o corte seletivo. As trilhas são o maior contribuinte para os danos ao solo, mas os decks e estradas de madeira foram pequenos componentes dos danos ao solo em geral. Entretanto, diferentes métodos e técnicas de colheita resultam em diferentes níveis de danos ao solo. Apesar de técnicas de exploração similares, os métodos convencionais de exploração produzem mais danos ao solo do que a exploração de impacto reduzido.
A exploração seletiva é um dos muitos usos do solo na Amazônia brasileira, mas também aumenta o acesso humano às florestas através do desenvolvimento de uma infinidade de estradas de exploração. Essas estradas permitem um acesso mais fácil aos locais de exploração madeireira, mas também facilitam o acesso dos caçadores às terras florestais, o que reduz a biodiversidade dentro da floresta. Além disso, é mais provável que a exploração madeireira ocorra ao redor dessas estradas porque a facilidade de acesso permite mais lucro. Isso leva a grandes frações de defasagem e altas taxas de desmatamento. Inevitavelmente, a probabilidade de desmatamento é maior para o corte seletivo mal administrado na floresta do que para aqueles sem corte. Esses aumentos nas aberturas de dossel resultam em degradação e aumento da suscetibilidade ao fogo. A fragmentação da floresta também é impulsionada como resultado do alto impacto da exploração florestal. Os impactos da exploração madeireira na Amazônia brasileira são resultantes da fragmentação da floresta à medida que novas áreas de florestas são produzidas para corte ou corte seletivo.
A maior parte das operações de corte seletivo na Amazônia foram ilegais durante o início dos anos 2000. Como grande parte das práticas madeireiras não foram regulamentadas, as operações de extração de alto dano tornaram as terras florestais suscetíveis à seca e ao fogo. Nas florestas exploradas recentemente, as frações de folhagem são maiores nos pátios, entretanto, o efeito geral sobre a fração de folhagem é insignificante devido à pequena área de superfície dos pátios.