O sistema político da República do Sudão foi reestruturado após um golpe militar em 30 de Junho de 1989, quando Omar al-Bashir, então brigadeiro do Exército Sudanês, liderou um grupo de oficiais e expulsou o governo do primeiro-ministro Sadiq al-Mahdi. Sob a liderança de al-Bashir, o novo governo militar suspendeu os partidos políticos e introduziu um código legal islâmico em nível nacional. Tornou-se então presidente do Conselho de Comando Revolucionário para a Salvação Nacional (um órgão recém-criado com poderes legislativos e executivos para o que foi descrito como um período de transição), e assumiu os postos de chefe de estado, primeiro-ministro, chefe das forças armadas e ministro da defesa. Mais adiante, após institucionalizar a Sharia na parte norte do país junto com Hassan al-Turabi, al-Bashir emitiu purgas e execuções nas fileiras superiores do exército, a proibição de associações, partidos políticos e jornais independentes e a prisão de figuras políticas e jornalistas de destaque. Em 1993, o Sudão transformou-se em um Estado islâmico totalitário de partido único, quando al-Bashir aboliu o Conselho de Comando Revolucionário e criou a Frente Nacional Islâmica (NIF) com um novo parlamento e governo obtido exclusivamente por membros da NIF, e proclamou-se presidente do Sudão. Como resultado, a Segunda Guerra Civil Sudanesa com o Exército de Libertação do Povo Sudanês (SPLA) só se intensificaria nos anos seguintes.
De 1983 a 1997, o país foi dividido em cinco regiões no norte e três no sul, cada uma encabeçada por um governador militar. Após o golpe militar de 1989, as assembleias regionais foram suspensas. Com o Conselho de Comando Revolucionário para a Salvação Nacional abolido em 1993 e a Frente Nacional Islâmica (NIF) no poder formando o Partido do Congresso Nacional (NCP), o novo partido incluiu alguns membros não-muçulmanos, principalmente políticos do sul do Sudão, alguns dos quais foram nomeados como ministros ou governadores de estado.
Em 1997, a estrutura da administração regional foi substituída pela criação de vinte e seis estados. Os executivos, gabinetes e altos funcionários estaduais são nomeados pelo Presidente, e seus orçamentos limitados são determinados e dispensados por Khartoum. Os estados, como resultado, permanecem economicamente dependentes do governo central. O estado de Cartum, compreendendo a capital e os distritos periféricos, é administrado por um governador.
Na sequência da assinatura do Acordo de Paz Global (CPA) em 2005 entre o governo de Omar al-Bashir e o Movimento/Exército Popular de Libertação do Sudão (SPLM/A), um Governo de Unidade Nacional foi instalado no Sudão de acordo com a Constituição Interina, através da qual foi criada uma posição de co-Vice Presidente representando o Sul, além do Vice Presidente do Norte do Sudão. Isto permitiu que o norte e o sul dividissem os depósitos de petróleo igualmente, mas também deixou os exércitos do norte e do sul no lugar.
Seguir o Acordo de Paz de Darfur, o gabinete do conselheiro presidencial sénior, o quarto posto constitucional mais elevado, foi atribuído a Minni Minnawi, um Zaghawa do Exército de Libertação Sudanês (SLA) baseado em Darfur. Os cargos executivos foram divididos entre o Partido do Congresso Nacional (NCP), o Movimento/Exército Popular de Libertação do Sudão (SPLM/A), a Frente Leste e as facções do Partido Umma e do Partido Democrático Unionista (DUP). Este acordo de paz com o SPLM/A concedeu autonomia ao Sul do Sudão por seis anos, a ser seguido de um referendo sobre a independência em 2011. De acordo com a nova constituição de 2005, a legislatura nacional bicameral é o parlamento sudanês oficial, e está dividida entre duas câmaras; a Assembleia Nacional, uma câmara baixa com 450 lugares, e o Conselho de Estados, uma câmara alta com 50 lugares. Assim, o parlamento consiste de 500 membros nomeados no total, onde todos são eleitos indiretamente pelas legislaturas estaduais para servir mandatos de seis anos.
Embora seu mandado de prisão internacional, Omar al-Bashir foi reeleito nas eleições presidenciais sudanesas de 2010, a primeira eleição democrática com múltiplos partidos políticos participando em nove anos. Seu rival político foi o vice-presidente Salva Kiir Mayardit, atual líder do SPLA.
Em dezembro de 1999, uma luta pelo poder culminou entre o presidente Omar al-Bashir e Hassan al-Turabi, fundador da NIF, ideólogo islâmico e presidente do parlamento. Al-Turabi foi destituído dos seus cargos no partido no poder e no governo, o parlamento foi dissolvido, a constituição suspensa e um estado de emergência nacional declarado por decreto presidencial. O parlamento foi retomado em fevereiro de 2001 após as eleições presidenciais e parlamentares de dezembro de 2000, mas as leis de emergência nacional continuam em vigor. Por volta da mesma época foi publicado o Livro Negro, um manuscrito de dissidentes ocidentais que detalhava o domínio dos povos do norte. Al-Turabi foi preso em fevereiro de 2001 e acusado de ser uma ameaça à segurança nacional e à ordem constitucional de assinar um memorando de entendimento com o SPLM/A. Ele foi colocado numa prisão de segurança máxima até ser libertado em 2005.
Como parte do acordo que terminou a Segunda Guerra Civil Sudanesa, nove membros do SPLM/A e 16 membros do governo foram empossados como ministros em 22 de Setembro de 2005, formando o primeiro governo pós guerra de unidade nacional. A tomada de posse foi adiada devido a discussões sobre quem iria receber várias pastas e como resultado da morte do vice-presidente John Garang. O Partido do Congresso Nacional manteve o controle dos principais cargos de energia, defesa, interior e finanças, enquanto um nomeado pelo SPLM tornou-se ministro das Relações Exteriores. O vice-presidente Salva Kiir teria recuado na discussão sobre quem teria o controle do vital Ministério de Energia e Minas, que cuida da produção dos campos de petróleo do Sudão.
Em 11 de abril de 2019, al-Bashir e seu governo foram derrubados em um golpe militar liderado por seu primeiro vice-presidente e ministro da Defesa, que então estabeleceu a junta militar agora no poder. No dia seguinte, Auf entregou o poder ao Tenente-General Abdel Fattah Abdelrahman Burhan.