A maioria da população do Sudão é muçulmana, pertencendo esmagadoramente ao ramo sunita. O Islão sunita no Sudão, como em grande parte do resto da África, tem sido caracterizado pela formação de tarīqahs, ou irmandades religiosas muçulmanas. O mais antigo destes tarīqahs é o Qādiriyyah, que foi introduzido na região sudanesa a partir do Oriente Médio, no século XVI. Outro grande tarīqah é o Khatmiyyah, ou Mīrghaniyyah, que foi fundado por Muḥammad ʿUthmān al-Mīrghanī, no início do século XIX. Talvez o mais poderoso e mais bem organizado tarīqah seja o Mahdiyyah; seus seguidores lideraram uma revolta bem sucedida contra o regime Turco-Egípcio (1821-85) e estabeleceram um estado independente no Sudão que durou de 1884 a 1898. Os Mahdiyyah e Khatmiyyah tarīqahs formaram a base para os partidos políticos que surgiram no Sudão nos anos 40 e continuaram a desempenhar um papel dominante na política da nação no período pós-independência.
Uma pequena percentagem da população do Sudão segue as religiões animistas tradicionais, particularmente nas montanhas Nuba. Embora estes animistas partilhem alguns elementos comuns de crença religiosa, cada grupo étnico tem a sua própria religião indígena. Praticamente todas as religiões tradicionais africanas do Sudão partilham a concepção de um espírito elevado ou divindade, geralmente um deus criador. Existem duas concepções do universo: a terrena e a celestial, ou a visível e a invisível. O mundo celestial é visto como sendo povoado por seres espirituais cuja função é servir como intermediários ou mensageiros de Deus; no caso dos Nilotes, esses espíritos são identificados com seus ancestrais. A divindade suprema é objeto de rituais usando música e dança.
Os cristãos representam outra pequena parcela da população. O cristianismo chegou ao Sudão por volta do século 6 Ce, e por séculos depois igrejas cristãs floresceram no antigo reino de Núbia. Após o estabelecimento do domínio muçulmano no Egipto e, posteriormente, das migrações árabes para o Sudão, o cristianismo diminuiu em Núbia e foi gradualmente substituído pelo islamismo; o processo foi concluído no final do século XV. O cristianismo no Sudão é hoje um produto dos esforços missionários europeus que começaram na segunda metade do século XIX. A maioria desses esforços estava concentrada nas montanhas de Nuba e não entre os muçulmanos do norte.