O local genético do PPS foi localizado no cromossomo 1 em 1999, sendo herdado de forma autossômica dominante e devido à mutação do gene IRF6. A maioria dos casos relatados é esporádica; a idade avançada dos pais é encontrada em vários desses casos, sugerindo novas mutações.
O termo PPS também tem sido usado para duas raras condições autossômicas herdadas de forma recessiva: PPS letal e PPS com Displasia Ectodérmica. Embora ambas as condições apresentem uma fenda lábio/palato, syngnathia e pterígio poplíteo, elas são clinicamente distinguíveis do caso autossômico dominante. A PPS letal é diferenciada por microcefalia, aplasia corneana, ectrópio, fusões ósseas, nariz hipoplásico e ausência de polegares, enquanto a PPS com Displasia Ectodérmica é diferenciada por cabelos lanosos, unhas quebradiças, anomalias ectodérmicas e fissura das vértebras sacrais.
Relação com a síndrome de Van der WoudeEdit
Síndrome de Van der Woude (VDWS) e síndrome do pterígio poplíteo (PPS) são variantes alélicas da mesma condição, ou seja, são causadas por diferentes mutações do mesmo gene. O PPS inclui todas as características da VDWS, mais pterígio poplíteo, syngnathia, anomalia distinta do dedo do pé/da unha, sindactilia e malformações genito-urinárias.