Apenas como outras tags de curta afinidade (His-tag, FLAG-tag), a Strep-tag pode ser facilmente fundida a proteínas recombinantes durante a subclonagem do seu cDNA ou gene. Para a sua expressão estão disponíveis vários vectores para vários organismos hospedeiros (E. coli, levedura, insecto e células de mamíferos). Um benefício particular da Strep-tag é o seu tamanho bastante pequeno e o facto de ser bioquimicamente quase inerte. Portanto, a dobra ou secreção de proteínas não é influenciada e normalmente não interfere com a função das proteínas. A Strep-tag é especialmente adequada para a análise de proteínas funcionais, porque o procedimento de purificação pode ser mantido sob condições fisiológicas. Isto não só permite o isolamento de proteínas sensíveis em estado nativo, como também é possível purificar complexos proteicos intactos, mesmo que apenas uma subunidade carregue o tag.
No primeiro passo do ciclo de purificação do Strep-tag, o lisado celular contendo a proteína de fusão Strep-tag é aplicado a uma coluna com Strep-Tactin imobilizado (passo 1). Após a proteína marcada ter sido especificamente ligada ao Strep-Tactin, uma pequena etapa de lavagem com um tampão fisiológico (por exemplo, PBS) remove todas as outras proteínas do hospedeiro (etapa 2). Isto é devido à sua extraordinária baixa tendência para ligar proteínas não especificamente. Então, a proteína de fusão purificada Strep-tag é suavemente eluída com uma baixa concentração de destiobiotina, que compete especificamente para a bolsa de ligação da biotina (passo 3). Para regenerar a coluna, a destiobiotina é removida através da aplicação de uma solução contendo HABA (um corante azo amarelo). A remoção da destiobiotina é indicada por uma mudança de cor de amarelo alaranjado para vermelho (passo 4+5). Finalmente, a solução de HABA é lavada com um pequeno volume de tampão de corrida, tornando assim a coluna pronta para ser utilizada na próxima corrida de purificação.