Os papéis relativos da litotripsia da onda de choque extracorpórea e da nefrostostomia percutânea estão sendo debatidos atualmente. Ambas as modalidades de tratamento são aplicáveis à maioria dos cálculos do trato urinário superior. No entanto, existem algumas distinções importantes entre as 2 técnicas. A litotripsia de onda de choque extracorpórea global está associada a uma morbidade significativamente mais baixa do que a nefrostostomia percutânea, mas as taxas sem pedras são mais baixas para a litotripsia de onda de choque extracorpórea do que para a nefrostostomia percutânea. Esta diferença é pequena para os rins que contêm uma carga mínima de pedras, mas aumenta em proporção direta ao aumento da carga de pedras. A morbidade da litotripsia de onda de choque extracorpórea também aumenta com o aumento da carga rochosa. Quando aplicada ao tratamento de cálculos de estaghornas, a morbidade de ambas as técnicas é comparável, mas as taxas sem pedras são significativamente melhores com a nefrostostomia percutânea.
O tratamento com litotripsia de onda de choque extracorpórea produz alterações no rim semelhantes às do traumatismo renal, consistindo principalmente de hemorragia intraparenquimatosa e perirrenal e edema. Enquanto os efeitos agudos da litotripsia de onda de choque extracorpórea são bem tolerados pela maioria dos pacientes, a sequência a longo prazo desta forma de terapia não está bem estabelecida. Potenciais efeitos adversos a longo prazo relatados incluem perda da função renal, hipertensão e uma maior taxa de ocorrência de novos cálculos. O efeito das ondas de choque no parênquima renal em animais experimentais é dose-dependente (número de ondas de choque). A ressonância magnética dos pacientes tratados com litotripsia de onda de choque extracorpórea demonstra anormalidades morfológicas no rim ou em torno dele em 63 a 85 por cento dos casos (número médio de ondas de choque de 1.200). Apesar destas observações, os limites seguros da litotripsia de ondas de choque extracorpóreas em humanos ainda não foram estabelecidos. Mais estudos sobre esta questão e os potenciais efeitos adversos a longo prazo da litotripsia de ondas de choque extracorpóreas são necessários com urgência.