A sua variedade foi reduzida pela pesca excessiva e destruição do habitat devido à mineração, pastoreio e extração de madeira, e as densidades populacionais foram reduzidas pela competição com trutas de riacho, castanhas e arco-íris não nativas desde que estas foram introduzidas no final do século XIX e início do século XX. No entanto, as mais sérias ameaças atuais à subespécie são a reprodução cruzada com a truta arco-íris introduzida (resultando em arco-íris) no ecossistema do Grande Yellowstone, a presença da truta do lago nos lagos de Yellowstone e Heart no Parque Nacional de Yellowstone, que se alimentam da truta garganta cortada até 15 polegadas de comprimento, e vários surtos de doença de rodopio nos principais tributários de desova.
Embora a truta do lago tenha sido estabelecida nos lagos Shoshone e Lewis, na drenagem do rio Snake a partir de U.S. operações de estocagem do governo em 1890, elas nunca foram oficialmente introduzidas na drenagem do rio Yellowstone e sua presença lá é provavelmente o resultado de introduções acidentais ou ilegais.
A seca ocasional na área de Yellowstone faz com que vários tributários de desova fiquem secos no final do verão, impedindo a migração de alevinos de garganta cortada para o lago de Yellowstone e tornando-os presas fáceis para predadores, tais como gaivotas e pelicanos. Estas ameaças reduziram significativamente as populações de gargantas cortadeiras no Lago Yellowstone e partes adjacentes do Rio Yellowstone. Atualmente, as populações mais fortes de garganta cortante podem ser encontradas nos Grand e Black Canyons do Rio Yellowstone e no maior afluente do Parque de Yellowstone, o Rio Lamar e seus tributários. Tentativas de fazer com que o Serviço de Pesca e Vida Selvagem dos EUA colocasse a subespécie na lista de espécies ameaçadas de extinção não foram aprovadas pela agência, citando evidências de que grandes esforços já estão em andamento para garantir a continuidade da existência desta subespécie. Todas as trutas de garganta cortada de Yellowstone capturadas dentro do Parque Nacional de Yellowstone devem ser libertadas. As populações fora do parque nacional estão sujeitas a regulamentações variadas dependendo da localização do riacho ou da via navegável.