Den lilla underenheten (SSU) av 18S rRNA-genen är en av de mest använda generna i fylogenetiska studier och en viktig markör för polymeraskedjereaktion (PCR) med slumpmässiga mål vid screening av biologisk mångfald i miljön. Generellt sett är rRNA-gensekvenser lätta att få tillgång till på grund av mycket bevarade flankerande regioner som gör det möjligt att använda universella primers. Deras repetitiva arrangemang i genomet ger stora mängder DNA-mall för PCR, även i de minsta organismerna. 18S-genen är en del av den ribosomala funktionella kärnan och utsätts för liknande selektiva krafter i alla levande varelser. När de första storskaliga fylogenetiska studierna baserade på 18S-sekvenser publicerades (t.ex. av Field et al. 1988) hyllades genen därför som den främsta kandidaten för att rekonstruera metazoernas livsträd. 18S-sekvenser gav senare bevis för uppdelningen av Ecdysozoa och Lophotrochozoa klasser (monofyletisk grupp av organismer som består av en gemensam förfader och alla dess linjära ättlingar), vilket bidrog till den senaste revolutionära förändringen i vår förståelse av metazoernas släktskap.
Under den senare delen av 2000-talet, och med ett ökat antal taxa som inkluderas i molekylära fylogenier, blev dock två problem uppenbara. För det första finns det rådande sekvenseringshinder hos representanter för vissa taxa, t.ex. blötdjursklasserna Solenogastres och Tryblidia, utvalda tvåskaliga taxa och den gåtfulla kräftdjursklassen Remipedia. Att inte få fram 18S-sekvenser av enskilda taxa anses vara ett vanligt fenomen men rapporteras sällan. För det andra kan 18S, i motsats till de initialt höga förhoppningarna, inte lösa upp noder på alla taxonomiska nivåer och dess effektivitet varierar avsevärt mellan klasser. Detta har diskuterats som en effekt av snabb forntida strålning inom korta perioder. Multigenanalyser anses för närvarande ge mer tillförlitliga resultat för att spåra djupa förgreningshändelser i Metazoa, men 18S används fortfarande i stor utsträckning i fylogenetiska analyser.