Procedurer för analys av jämförande data med hjälp av fylogenetiskt oberoende kontraster

Vi diskuterar och förtydligar flera aspekter av tillämpningen av Felsensteins (1985, Am. Nat. 125: 1-15) procedurer för att testa om det finns en korrelerad utveckling av kontinuerliga egenskaper. Detta är en av flera tillgängliga komparativa metoder som kartlägger data för fenotypiska egenskaper på ett befintligt fylogenetiskt träd (som härrör från oberoende information). Tillämpning av Felsensteins metod kräver inte en helt dikotom topologi. Den kräver inte heller ett antagande om en gradvis, klockliknande karaktärsutveckling, vilket skulle kunna modelleras med Brownsk rörelse. Nästan all tillgänglig information kan användas för att uppskatta grenlängder (t.ex. genetiska avstånd, divergenstider som uppskattas från fossilregistret eller från molekylära klockor, antal karaktärsförändringar från en kladistisk analys). Det måste dock empiriskt kontrolleras om de föreslagna grenlängderna är lämpliga för statistiska ändamål för varje fytogeni och för varje karaktär. Vi föreslår ett enkelt sätt att göra detta, baserat på grafisk analys av plottar av standardiserade oberoende kontraster mot deras standardavvikelser (dvs. kvadratrötterna av summan av deras grenlängder). I vissa fall kommer grenlängderna och/eller värdena för de egenskaper som studeras att behöva transformeras. Ett exempel på skalning av däggdjurens hemområde presenteras. När de väl är tillräckligt standardiserade kan uppsättningar av oberoende kontraster analyseras med hjälp av antingen linjär eller icke-linjär (multipel) regression. I samtliga fall måste dock regressioner (eller korrelationer) beräknas genom ursprunget. Vi diskuterar också sätt att korrigera för effekter av kroppsstorlek och hur detta hänger samman med att göra grafiska framställningar av relationer av standardiserade oberoende kontraster. Vi avslutar med att överväga vilka typer av egenskaper som kan analyseras med förfaranden för oberoende kontraster och drar slutsatsen att alla (kontinuerliga) egenskaper som är nedärvda från förfäderna är lämpliga att analysera, oavsett mekanism för nedärvning (t.ex. genetisk eller kulturell).