Gena ARNr 18S cu subunitate mică (SSU) este una dintre cele mai frecvent utilizate gene în studiile filogenetice și un marker important pentru reacția în lanț a polimerazei cu țintă aleatorie (PCR) în screeningul biodiversității mediului. În general, secvențele genei ARNr sunt ușor de accesat datorită regiunilor de flancare foarte conservate care permit utilizarea de primeri universali. Dispunerea lor repetitivă în cadrul genomului oferă cantități excesive de ADN șablon pentru PCR, chiar și în cazul celor mai mici organisme. Gena 18S face parte din nucleul funcțional ribozomal și este expusă unor forțe selective similare în toate ființele vii. Astfel, atunci când au fost publicate primele studii filogenetice la scară largă bazate pe secvențe 18S (de exemplu, de către Field et al., 1988), gena a fost celebrată ca fiind principalul candidat pentru reconstruirea arborelui vieții metazoarelor. Secvențele 18S au furnizat ulterior dovezi pentru scindarea cladelor Ecdysozoa și Lophotrochozoa (grup monofiletic de organisme compus dintr-un strămoș comun și toți descendenții săi liniari), contribuind astfel la cea mai recentă schimbare revoluționară în înțelegerea noastră a relațiilor dintre metazoare.
În ultima parte a anilor 2000, și odată cu creșterea numărului de taxoni incluși în filogeniile moleculare, au devenit însă evidente două probleme. În primul rând, există impedimente de secvențiere predominante în cazul reprezentanților anumitor taxoni, cum ar fi clasele de moluște Solenogastres și Tryblidia, anumiți taxoni de bivalve și enigmatica clasă de crustacee Remipedia. Eșecul de a obține secvențe 18S ale unor taxoni unici este considerat un fenomen comun, dar este rareori raportat. În al doilea rând, spre deosebire de speranțele inițial mari, 18S nu poate rezolva nodurile la toate nivelurile taxonomice, iar eficacitatea sa variază considerabil între clade. Acest lucru a fost discutat ca fiind un efect al radiației antice rapide în perioade scurte. În prezent, se consideră că analizele multigene oferă rezultate mai fiabile pentru urmărirea evenimentelor de ramificare profundă la Metazoa, dar 18S este încă utilizat pe scară largă în analizele filogenetice.
.