Mitarbeitende:
- Kate Reardon, Forschungsmikrobiologin
- Katherine Son, Physikalische Wissenschaftstechnikerin
- Vacant, Wissenschaftliche Mitarbeiterin, Mikrobiologin (Böden)
- Vacant, Labortechnikerin
- ARS-SWCR Wissenschaftler
Kollaborateure:
- Mark Mazzola, USDA-ARS Tree Fruit Research Lab, Wenatchee, WA
- David Brown, Washington State University, Pullman, WA
- Kristin Trippe, USDA-ARS Forage Seed and Cereal Research, Corvallis, OR
- Dick Smiley, Oregon State University, Adams, OR
- Marion Brodhagen, Western Washington University, Bellingham, WA
- Jeff McLean, J. Craig Venter Institute, La Jolla, CA
Laufende Forschungsprojekte
Bodenmikroben tragen wesentlich zum Nährstoffkreislauf und zur Verfügbarkeit von Stickstoff in landwirtschaftlichen Böden bei. Meine Forschung konzentriert sich darauf, wie sich Anbaustrategien auf die einheimischen mikrobiellen Gemeinschaften im Boden auswirken und welchen Einfluss Anbausysteme auf die Stickstoff- und Kohlenstoffdynamik haben. Um diese Auswirkungen zu verstehen, setzen wir molekulare Techniken ein, um Mikroben wie Bakterien, Pilze, Archaeen und Nematoden, die für den Nährstoffkreislauf in landwirtschaftlichen Böden wichtig sind, zu quantifizieren und zu identifizieren. Außerdem analysieren wir Veränderungen in der Häufigkeit von Genen, die für bestimmte mikrobielle Funktionen wie den Stickstoffkreislauf erforderlich sind. Durch die Analyse der funktionellen Gene, wie z. B. des Gens, das für die Ammoniak-Monooxygenase kodiert, die den ersten Schritt der Umwandlung von Ammoniak in Nitrit katalysiert, können wir Annahmen darüber treffen, wie sich Bewirtschaftungsstrategien wie Fruchtfolge oder Stickstoffdüngung auf die mikrobielle Ammoniakoxidation auswirken.
Die molekularbiologischen Möglichkeiten sind neu im Mikrobiologieprogramm des USDA-ARS in Pendleton und umfassen derzeit DNA/RNA-Extraktion, Gelelektrophorese, PCR (Polymerase-Kettenreaktion), quantitative PCR, T-RFLP (zur Bestimmung von Veränderungen in der mikrobiellen Diversität, terminaler Restriktionsfragment-Längen-Polymorphismus), DNA-Sequenzierung und DNA/RNA-Quantifizierung mittels Fluoreszenz oder Bioanalyzer.