Die relative Rolle der extrakorporalen Stoßwellenlithotripsie und der perkutanen Nephrostolithotomie wird derzeit diskutiert. Beide Behandlungsmethoden sind bei den meisten Konkrementen des oberen Harntrakts anwendbar. Es gibt jedoch einige wichtige Unterschiede zwischen den beiden Techniken. Insgesamt ist die extrakorporale Stoßwellenlithotripsie mit einer deutlich geringeren Morbidität verbunden als die perkutane Nephrostolithotomie, aber die Steinfreiheitsrate ist bei der extrakorporalen Stoßwellenlithotripsie niedriger als bei der perkutanen Nephrostolithotomie. Dieser Unterschied ist bei Nieren mit minimaler Steinbelastung gering, nimmt aber mit zunehmender Steinbelastung zu. Die Morbidität der extrakorporalen Stoßwellenlithotripsie steigt ebenfalls mit zunehmender Steinbelastung. Bei der Behandlung von Hirschhornsteinen ist die Morbidität beider Verfahren vergleichbar, aber die Steinfreiheitsrate ist bei der perkutanen Nephrostolithotomie signifikant besser.
Die Behandlung mit der extrakorporalen Stoßwellenlithotripsie führt zu Veränderungen in der Niere, die denen eines Nierentraumas ähneln und in erster Linie aus intraparenchymalen und perirenalen Blutungen und Ödemen bestehen. Während die akuten Wirkungen der extrakorporalen Stoßwellenlithotripsie von den meisten Patienten gut vertragen werden, sind die Langzeitfolgen dieser Therapieform nicht gut untersucht. Zu den berichteten potenziellen langfristigen unerwünschten Wirkungen gehören der Verlust der Nierenfunktion, Bluthochdruck und ein erhöhtes Auftreten von neuen Steinen. Die Wirkung von Stoßwellen auf das Nierenparenchym bei Versuchstieren ist dosisabhängig (Anzahl der Stoßwellen). Die Magnetresonanztomographie von Patienten, die mit extrakorporaler Stoßwellenlithotripsie behandelt wurden, zeigt in 63 bis 85 % der Fälle (durchschnittliche Anzahl der Stoßwellen 1.200) morphologische Anomalien in oder um die Niere. Trotz dieser Beobachtungen sind die sicheren Grenzen der extrakorporalen Stoßwellenlithotripsie beim Menschen noch nicht festgelegt. Weitere Studien zu diesem Thema und zu den möglichen langfristigen schädlichen Auswirkungen der extrakorporalen Stoßwellenlithotripsie sind dringend erforderlich.