Nova wurde dafür kritisiert, dass es Autoren nicht immer nach dem akademischen Peer-Review-Verfahren bewertet und alte gemeinfreie Buchkapitel und frei zugängliche Regierungsberichte zu hohen Preisen neu veröffentlicht. Diese Kritik veranlasste den Bibliothekar Jeffrey Beall zu der Aussage, dass Nova Science Publishers seiner Meinung nach zur „untersten Schicht“ der Verlage gehöre.
Eine kürzlich durchgeführte Untersuchung nationaler und internationaler Datenbanken wissenschaftlicher Buchverlage (einschließlich Book Citation Index, Scopus, CRIStin, JUFO, VIRTA und SPI) identifizierte Nova als einen „Kern von Verlagen, die in allen fünf“ der untersuchten Informationssysteme indexiert sind. Dieser „Kern“ umfasste 46 der 3.765 identifizierten Verlage.
In einem Bericht über 21 internationale sozialwissenschaftliche Buchverlage aus dem Jahr 2011, in dem die Marktdurchdringung auf internationalen Märkten und die Erwähnung von Büchern in internationalen wissenschaftlichen Indexsystemen wie Cambridge Scientific Abstracts ermittelt wurde, belegte Nova Science Publishers Platz 17 von 21. In einer 2017 durchgeführten Studie zur Rangliste der Buchverlage lag Nova Science Publishers bei der Anzahl der veröffentlichten Bücher ganz oben, bei der Anzahl der Zitationen pro Buch jedoch ganz unten. Ein Bericht desselben Autors aus dem Jahr 2018 zeigt nun, dass Nova unter 51 Verlagen in der oberen Hälfte rangiert, wenn es um folgende Kriterien geht: 1. globales Ansehen des Unternehmens; 2. das Unternehmen als Faktor auf dem Markt; 3. der Einfluss des Unternehmens auf die globale politische und wirtschaftliche Debatte; 4. der erfolgreiche Vertrieb von Bestsellern; 5. der Einfluss auf die wissenschaftliche Gemeinschaft; 6. der erfolgreiche Vertrieb der Produktion an mehr als 50 Worldcat-Bibliotheken weltweit; 7. der Output in den letzten fünf Jahren; 8. die herausragende wissenschaftliche Qualität. Aber seit 2018 ist Nova auch von der norwegischen Liste der zugelassenen wissenschaftlichen Publikationskanäle (Norwegian Register for Scientific Journals, Series and Publishers) gestrichen worden.