Im Jahr 1589 war Paris faktisch in der Hand der Katholischen Liga. Um dem zu entgehen, berief Heinrich IV. von Frankreich das Parlament von Paris nach Tours ein, aber nur ein kleiner Teil der Parlamentarier folgte der Einladung. (Heinrich hielt auch ein Parlament in Châlons ab, einer Stadt, die dem König treu geblieben war, bekannt als das Parlament von Châlons). Nach der Ermordung des Königs durch den dominikanischen Laienbruder Jacques Clément tagte das „Parlament von Tours“ in den ersten Jahren der Herrschaft Heinrichs IV. von Frankreich weiter. Die royalistischen Mitglieder der anderen Provinzparlamente spalteten sich ebenfalls ab – die royalistischen Mitglieder des Parlaments von Rouen gingen nach Caen, die des Parlaments von Toulouse nach Carcassonne und die des Parlaments von Dijon nach Semur und Flavigny.
Das Parlament von Paris spielte eine wichtige Rolle bei der Stimulierung des Adels zum Widerstand gegen die Erweiterung der königlichen Macht durch militärische Gewalt in der parlamentarischen Fronde 1648-1649. Am Ende siegte König Ludwig XIV. und der Adel wurde gedemütigt.
Auf einer Sitzung des Pariser Parlaments am 3. März 1766, die als la Séance de la Flagellation („Geißelungssitzung“) bekannt wurde, behauptete Ludwig XV., dass die souveräne Macht nur in seiner Person liege.