Das politische System der Republik Sudan wurde nach einem Militärputsch am 30. Juni 1989 umstrukturiert, als Omar al-Bashir, damals Brigadier in der sudanesischen Armee, eine Gruppe von Offizieren anführte und die Regierung von Premierminister Sadiq al-Mahdi absetzte. Unter al-Bashirs Führung verbot die neue Militärregierung die politischen Parteien und führte ein islamisches Gesetzbuch auf nationaler Ebene ein. Anschließend wurde er Vorsitzender des Revolutionären Kommandorats für die nationale Rettung (ein neu eingerichtetes Gremium mit legislativen und exekutiven Befugnissen für eine so genannte Übergangszeit) und übernahm die Ämter des Staatschefs, des Premierministers, des Chefs der Streitkräfte und des Verteidigungsministers. Nachdem er zusammen mit Hassan al-Turabi die Scharia im Norden des Landes eingeführt hatte, veranlasste al-Bashir Säuberungen und Hinrichtungen in den oberen Rängen der Armee, das Verbot von Vereinen, politischen Parteien und unabhängigen Zeitungen sowie die Inhaftierung führender politischer Persönlichkeiten und Journalisten. 1993 verwandelte sich der Sudan in einen islamisch-totalitären Einparteienstaat, als al-Bashir den Revolutionären Kommandorat abschaffte und die Nationale Islamische Front (NIF) mit einem neuen Parlament und einer Regierung, die ausschließlich aus Mitgliedern der NIF bestand, ins Leben rief und sich selbst zum Präsidenten des Sudan ernannte. In der Folge eskalierte der zweite sudanesische Bürgerkrieg mit der Sudanesischen Volksbefreiungsarmee (SPLA) in den folgenden Jahren.
Von 1983 bis 1997 war das Land in fünf Regionen im Norden und drei im Süden unterteilt, die jeweils von einem Militärgouverneur geleitet wurden. Nach dem Militärputsch von 1989 wurden die Regionalversammlungen aufgehoben. Als der Revolutionäre Kommandorat für die nationale Rettung 1993 aufgelöst wurde und die regierende Nationale Islamische Front (NIF) die Nationale Kongresspartei (NCP) gründete, gehörten der neuen Partei auch einige nicht-muslimische Mitglieder an, hauptsächlich südsudanesische Politiker, von denen einige zu Ministern oder Gouverneuren der Bundesstaaten ernannt wurden.
1997 wurde die Struktur der regionalen Verwaltung durch die Schaffung von 26 Bundesstaaten ersetzt. Die Exekutiven, Kabinette und hochrangigen Staatsbeamten werden vom Präsidenten ernannt, und ihre begrenzten Budgets werden von Khartum aus festgelegt und verteilt. Die Bundesstaaten bleiben daher wirtschaftlich von der Zentralregierung abhängig. Der Bundesstaat Khartum, der die Hauptstadt und die umliegenden Bezirke umfasst, wird von einem Gouverneur verwaltet.
Nach der Unterzeichnung des umfassenden Friedensabkommens (Comprehensive Peace Agreement, CPA) im Jahr 2005 zwischen der Regierung von Omar al-Bashir und der Sudanesischen Volksbefreiungsbewegung/Armee (SPLM/A) wurde im Sudan gemäß der Interimsverfassung eine Regierung der Nationalen Einheit eingesetzt, die neben dem nordsudanesischen Vizepräsidenten auch einen Vizepräsidenten für den Süden stellte. Dies ermöglichte es dem Norden und dem Süden, die Ölvorkommen gleichmäßig aufzuteilen, ließ aber auch die Armeen des Nordens und des Südens bestehen.
Nach dem Darfur-Friedensabkommen wurde das Amt des leitenden Präsidentenberaters, das vierthöchste verfassungsmäßige Amt, an Minni Minnawi, einen Zaghawa der Sudanesischen Befreiungsarmee (SLA) aus Darfur, vergeben. Die Exekutivposten wurden zwischen der Nationalen Kongresspartei (NCP), der Sudanesischen Volksbefreiungsbewegung/Armee (SPLM/A), der Ostfront und Fraktionen der Umma-Partei und der Demokratischen Unionistischen Partei (DUP) aufgeteilt. Dieses Friedensabkommen mit der SPLM/A gewährte dem Südsudan für sechs Jahre Autonomie, auf die 2011 ein Referendum über die Unabhängigkeit folgen sollte. Nach der neuen Verfassung von 2005 ist die Zweikammer-Nationallegislative das offizielle sudanesische Parlament, das sich in zwei Kammern aufteilt: die Nationalversammlung, ein Unterhaus mit 450 Sitzen, und den Ständerat, ein Oberhaus mit 50 Sitzen. Somit besteht das Parlament aus insgesamt 500 ernannten Mitgliedern, die alle indirekt von den Landesparlamenten für eine Amtszeit von sechs Jahren gewählt werden.
Trotz seines internationalen Haftbefehls wurde Omar al-Bashir bei den sudanesischen Präsidentschaftswahlen 2010 wiedergewählt, den ersten demokratischen Wahlen mit Beteiligung mehrerer politischer Parteien seit neun Jahren. Sein politischer Rivale war Vizepräsident Salva Kiir Mayardit, der derzeitige Führer der SPLA.
Im Dezember 1999 kam es zu einem Machtkampf zwischen Präsident Omar al-Bashir und Hassan al-Turabi, dem Gründer der NIF, einem islamistischen Ideologen und Parlamentssprecher. Al-Turabi wurde seiner Ämter in der Regierungspartei und der Regierung enthoben, das Parlament wurde aufgelöst, die Verfassung außer Kraft gesetzt und per Präsidialdekret der nationale Notstand verhängt. Nach den Präsidentschafts- und Parlamentswahlen im Dezember 2000 konnte das Parlament im Februar 2001 wieder zusammentreten, doch die Gesetze des nationalen Notstands blieben in Kraft. Etwa zur gleichen Zeit wurde das Schwarzbuch veröffentlicht, ein Manuskript von Dissidenten aus dem Westen, in dem die Beherrschung der nördlichen Völker beschrieben wird. Al-Turabi wurde im Februar 2001 verhaftet und angeklagt, eine Bedrohung für die nationale Sicherheit und die verfassungsmäßige Ordnung zu sein, weil er eine Absichtserklärung mit der SPLM/A unterzeichnet hatte. Er war bis zu seiner Freilassung im Jahr 2005 in einem Hochsicherheitsgefängnis untergebracht.
Im Rahmen des Abkommens zur Beendigung des Zweiten Sudanesischen Bürgerkriegs wurden am 22. September 2005 neun Mitglieder der SPLM/A und 16 Mitglieder der Regierung als Minister vereidigt und bildeten die erste Nachkriegsregierung der nationalen Einheit. Die Amtseinführung verzögerte sich aufgrund von Streitigkeiten über die Verteilung der verschiedenen Ressorts und infolge des Todes von Vizepräsident John Garang. Die Nationale Kongresspartei behielt die Kontrolle über die Schlüsselressorts Energie, Verteidigung, Inneres und Finanzen, während ein von der SPLM ernannter Kandidat Außenminister wurde. Vizepräsident Salva Kiir soll im Streit darüber, wer die Kontrolle über das lebenswichtige Ministerium für Energie und Bergbau erhält, das für die Produktion der sudanesischen Ölfelder zuständig ist, einen Rückzieher gemacht haben.
Am 11. April 2019 wurden al-Bashir und seine Regierung durch einen Militärputsch gestürzt, der von seinem Ersten Vizepräsidenten und Verteidigungsminister angeführt wurde, der daraufhin die nun regierende Militärjunta einsetzte. Am nächsten Tag übergab Auf die Macht an Generalleutnant Abdel Fattah Abdelrahman Burhan.