Obwohl Sofja während der dynastischen Kämpfe von 1682 aus dem Schatten hervortrat, können ihre früheren Einflüsse dazu beitragen, ihren Aufstieg zur Regentschaft zu erklären. Beim letzten Herrscherwechsel 1676 könnte Sophia im Interesse ihres Bruders Fjodor gehandelt haben, denn es gibt verschiedene Gerüchte, wonach sie damals ihren Vater, den sterbenden Zaren Alexis, gebeten haben soll, Peter nicht zu seinem Erben zu machen. Fjodors Fähigkeit, Russland zu führen, wurde aufgrund seines schwachen Charakters und seiner schlechten Gesundheit angezweifelt. Seine geistigen Fähigkeiten entwickelten sich jedoch mit der Zeit recht gut, da er von Simeon Polotsky unterrichtet wurde. Während der kurzen Regierungszeit von Fjodor III. (1676-1682), so argumentieren viele Historiker, regierte Fjodor tatsächlich „unter dem Protektorat seiner Schwester Sofia“. Als sich die Gesundheit des jungen Zaren Fjodor zu verschlechtern begann, traten immer mehr Personen als Berater auf, und Sofja musste feststellen, dass ihr Einfluss immer mehr schwand. Sie nutzte die Vorteile eines Hofes, der einer Frau in ihrer Situation nie offenstand, machte sich ihre Verbindungen zunutze, schloss Verbündete und plante offiziell, sich den Thron zu sichern. Als Fjodor starb (7. Mai 1682), kehrte Sophia sofort auf die politische Bühne zurück. Sie nahm an der Beerdigung ihres Bruders teil und sorgte dabei für Aufruhr. Zu Sophias Zeiten wurden die weiblichen Verwandten des Zaren vom Hof und anderen politischen Bereichen ferngehalten, und Beerdigungen fanden traditionell ohne Frauen statt. Sofia stürmte in das Begräbnis, bestand auf ihrer Anwesenheit und setzte gleichzeitig eine Kette von Ereignissen in Gang, die zu ihrer Regentschaft führen sollten.
Die Miloslawski-Partei, die sich um die Familie von Fjodor und Sofia gruppierte, nutzte den Streltsy-Aufstand (25. Mai 1682), um Sofia auf den Sitz der Macht zu setzen. Zar Alexis hatte durch seine beiden Ehefrauen zwei Familien hinterlassen, und jeder der beiden Zweige hatte mindestens einen männlichen Erben vorzuweisen. Da die Clans der beiden Ehefrauen von Alexis im Streit lagen, entwickelte Sofia einen Plan, um die Macht für sich und ihre Familie zu sichern. Sophia warb für ihren Vollbruder Iwan als legitimen Thronfolger und versuchte, den Patriarchen und die Bojaren davon zu überzeugen, dass sie ihre jüngste Entscheidung, Peter zu krönen, rückgängig machen sollten. Sie bestand darauf, dass Peters Proklamation gegen die monarchischen Gesetze verstieß, da sie ihren Bruder überging, der ohne seine Unfähigkeit der nächste in der Thronfolge gewesen wäre, und schlug vor, die Krone mit Iwan und ihr zu teilen. Nachdem der Hof diesen Vorschlag rasch und einstimmig abgelehnt hatte, bat Sophia die entmutigten Militärs, die Streltsy, um Hilfe und Unterstützung. Die ungerechte Ablehnung von Iwans Rechten wirkte wie ein Katalysator für die ohnehin schon unzufriedenen und frustrierten Truppen. Mehrere Faktoren, darunter gnadenlose Motivationstaktiken und mangelnde Erholung, trieben die Streltsy dazu, sich gewaltsam gegen die „ungerechte“ Wahl Peters zu wehren. Als die Kämpfe aufhörten und Peters Leben durch das von seinen Naryschkin-Verwandten vergossene Blut für immer gezeichnet war, setzten die Streltzy ihre ursprünglichen Forderungen durch: Nach dem Aufstand der Streltzy krönte Patriarch Ioakim am 25. Juni 1682 den unfähigen Iwan zum Senior-Zaren (Iwan V.) und den erst neun Jahre alten Peter zum Junior-Zaren. Sophia war zum Zeitpunkt von Fjodors Tod als einziges intellektuell reifes Mitglied der Herrscherfamilie angesehen worden, was sie zur Favoritin für die Regentschaft anstelle des Kindes Peter und des unfähigen Iwan machte. Mit ihrem politischen und praktischen Wissen, das sie an der Seite Feodors erworben hatte, überzeugte Sophia die Adligen und den Patriarchen von ihrer Fähigkeit, Russland zu regieren. Wie Sophia vor dem Tod des Zaren Fjodor arrangiert hatte, wurde Wassili Golitsyn als De-facto-Regierungschef eingesetzt und führte die meisten politischen Maßnahmen während ihrer Regentschaft aus.