Su área de distribución se ha reducido por la sobrepesca y la destrucción del hábitat debido a la minería, el pastoreo y la tala, y las densidades de población se han reducido por la competencia con la trucha de arroyo, marrón y arco iris no autóctona desde que éstas se introdujeron a finales del siglo XIX y principios del XX. Sin embargo, las amenazas actuales más graves para la subespecie son el mestizaje con la trucha arco iris introducida (que da lugar a las arco iris) en el ecosistema del Gran Yellowstone, la presencia de truchas de lago en los lagos Yellowstone y Heart del Parque Nacional de Yellowstone, que se alimentan de truchas arco iris de hasta 15 pulgadas de longitud, y varios brotes de la enfermedad del remolino en los principales afluentes de desove.
Aunque la trucha de lago se estableció en los lagos Shoshone y Lewis en el drenaje del río Snake desde las operaciones de repoblación del gobierno de EE.Aunque la trucha de lago se estableció en los lagos Shoshone y Lewis en el drenaje del río Snake gracias a las operaciones de repoblación del gobierno de EE.UU. en 1890, nunca se introdujo oficialmente en el drenaje del río Yellowstone y su presencia allí es probablemente el resultado de introducciones accidentales o ilegales.
La sequía ocasional en la zona de Yellowstone hace que varios afluentes de desove se sequen a finales del verano, impidiendo que los alevines de la trucha cortada migren al lago Yellowstone y haciéndolos presa fácil de depredadores, como gaviotas y pelícanos. Estas amenazas han reducido significativamente las poblaciones de crías de sierra en el lago Yellowstone y en las partes adyacentes del río Yellowstone. En la actualidad, las poblaciones más fuertes de crías de foca se encuentran en los cañones Grand y Black del río Yellowstone y en el principal afluente de este río en el Parque de Yellowstone, el río Lamar y sus afluentes. En 2004, los ecologistas intentaron que el Servicio de Pesca y Vida Silvestre de EE.UU. incluyera la subespecie en la lista de especies en peligro de extinción, pero la agencia no lo aprobó, alegando que ya se están realizando grandes esfuerzos para garantizar la existencia de esta subespecie. Todas las truchas degolladas de Yellowstone capturadas dentro del Parque Nacional de Yellowstone deben ser liberadas. Las poblaciones que se encuentran fuera del parque nacional están sujetas a distintas regulaciones según la ubicación del arroyo o curso de agua.