Personal asociado:
- Kate Reardon, Microbióloga de Investigación
- Katherine Son, Técnica de Ciencias Físicas
- Vacant, Asociada de Investigación, Microbióloga (Suelos)
- Vacant, Técnica de Laboratorio
- Científicos delARS-SWCR
Colaboradores:
- Mark Mazzola, USDA-ARS Tree Fruit Research Lab, Wenatchee, WA
- David Brown, Washington State University, Pullman, WA
- Kristin Trippe, USDA-ARS Forage Seed and Cereal Research, Corvallis, OR
- Dick Smiley, Oregon State University, Adams, OR
- Marion Brodhagen, Western Washington University, Bellingham, WA
- Jeff McLean, J. Craig Venter Institute, La Jolla, CA
Proyectos de investigación actuales
Los microbios del suelo contribuyen significativamente al ciclo de los nutrientes y a la disponibilidad del nitrógeno en los suelos agrícolas. Mi investigación se centra en cómo las estrategias de gestión de los cultivos afectan a las comunidades microbianas nativas del suelo y la influencia que los sistemas de cultivo tienen en la dinámica del nitrógeno y el carbono. En un esfuerzo por entender estos efectos, estamos empleando técnicas moleculares para cuantificar e identificar los microbios, incluyendo bacterias, hongos, arqueas y nematodos importantes en el ciclo de los nutrientes en los suelos agrícolas. También estamos analizando los cambios en la abundancia de los genes necesarios para determinadas funciones microbianas, como el ciclo del nitrógeno. Analizando los genes funcionales, como el gen que codifica la monooxigenasa de amoníaco, que cataliza el primer paso de la conversión de amoníaco en nitrito, podemos hacer suposiciones sobre cómo las estrategias de gestión, como la rotación de cultivos o la fertilización con nitrógeno, afectan a la oxidación microbiana del amoníaco.
Las capacidades de biología molecular son nuevas en el programa de microbiología del USDA-ARS en Pendleton y actualmente incluyen la extracción de ADN/ARN, electroforesis en gel, PCR (reacción en cadena de la polimerasa), PCR cuantitativa, T-RFLP (para determinar los cambios en la diversidad microbiana, polimorfismo de longitud de fragmentos de restricción terminal), secuenciación de ADN y cuantificación de ADN/ARN utilizando fluorescencia o un Bioanalizador.