En 1589, París estaba efectivamente en manos de la Liga Católica. Para escapar, Enrique IV de Francia convocó al parlamento de París a reunirse en Tours, pero sólo una pequeña facción de sus parlamentarios aceptó la convocatoria. (Enrique también celebró un parlamento en Châlons, ciudad que permanecía fiel al rey, conocido como el Parlamento de Châlons). Tras el asesinato del rey por el hermano laico dominico Jacques Clément, el «Parlamento de Tours» continuó sesionando durante los primeros años del reinado de Enrique IV de Francia. Los miembros monárquicos de los otros parlamentos provinciales también se separaron: los miembros monárquicos del Parlamento de Rouen se separaron en Caen, los del Parlamento de Toulouse en Carcassonne, y los del Parlamento de Dijon en Semur y en Flavigny.
El Parlamento de París jugó un papel importante en estimular a la nobleza a resistir la expansión del poder real por la fuerza militar en la Fronda Parlamentaria, 1648-1649. Al final, el rey Luis XIV se impuso y la nobleza fue humillada.
En una sesión del Parlamento de París del 3 de marzo de 1766 conocida como la Séance de la Flagellation («la Sesión de la Flagelación»), Luis XV afirmó que el poder soberano residía únicamente en su persona.