El sistema político de la República de Sudán se reestructuró tras un golpe militar el 30 de junio de 1989, cuando Omar al-Bashir, entonces brigadier del ejército sudanés, dirigió a un grupo de oficiales y destituyó al gobierno del primer ministro Sadiq al-Mahdi. Bajo el liderazgo de al-Bashir, el nuevo gobierno militar suspendió los partidos políticos e introdujo un código legal islámico a nivel nacional. A continuación, se convirtió en presidente del Consejo de Mando Revolucionario para la Salvación Nacional (un órgano recién creado con poderes legislativos y ejecutivos para lo que se describió como un periodo de transición), y asumió los cargos de jefe de Estado, primer ministro, jefe de las fuerzas armadas y ministro de Defensa. Más adelante, tras institucionalizar la sharia en el norte del país junto con Hassan al-Turabi, al-Bashir decretó purgas y ejecuciones en los altos mandos del ejército, la prohibición de asociaciones, partidos políticos y periódicos independientes y el encarcelamiento de destacadas figuras políticas y periodistas. En 1993, Sudán se transformó en un Estado totalitario islámico de partido único, ya que al-Bashir abolió el Consejo de Comando Revolucionario y creó el Frente Islámico Nacional (FINA) con un nuevo parlamento y gobierno obtenidos únicamente por miembros del FINA, y se autoproclamó presidente de Sudán. Como resultado, la segunda guerra civil sudanesa con el Ejército Popular de Liberación de Sudán (SPLA) no haría más que intensificarse en los años siguientes.
Desde 1983 hasta 1997, el país estuvo dividido en cinco regiones en el norte y tres en el sur, cada una de ellas dirigida por un gobernador militar. Tras el golpe militar de 1989, se suspendieron las asambleas regionales. Tras la abolición del Consejo de Comando Revolucionario para la Salvación Nacional en 1993, el Frente Islámico Nacional (FIN) en el poder formó el Partido del Congreso Nacional (PCN), que incluía algunos miembros no musulmanes, principalmente políticos sudaneses del sur, algunos de los cuales fueron nombrados ministros o gobernadores estatales.
En 1997, la estructura de la administración regional fue sustituida por la creación de veintiséis estados. Los ejecutivos, los gabinetes y los funcionarios estatales de alto nivel son nombrados por el Presidente, y sus limitados presupuestos se determinan y dispensan desde Jartum. En consecuencia, los estados siguen dependiendo económicamente del gobierno central. El estado de Jartum, que comprende la capital y los distritos periféricos, está administrado por un gobernador.
Tras la firma del Acuerdo General de Paz (AGP) en 2005 entre el gobierno de Omar al-Bashir y el Movimiento/Ejército de Liberación del Pueblo de Sudán (SPLM/A), se instauró en Sudán un Gobierno de Unidad Nacional de acuerdo con la Constitución provisional, por el que se creó un cargo de covicepresidente que representaba al sur, además del vicepresidente sudanés del norte. Esto permitió que el norte y el sur se repartieran los yacimientos de petróleo a partes iguales, pero también se mantuvieron los ejércitos del norte y del sur.
Tras el Acuerdo de Paz de Darfur, el cargo de asesor presidencial principal, el cuarto puesto constitucional más alto, se asignó a Minni Minnawi, un zaghawa del Ejército de Liberación de Sudán (SLA) con base en Darfur. Los puestos del ejecutivo se repartieron entre el Partido del Congreso Nacional (PCN), el Movimiento/Ejército Popular de Liberación de Sudán (SPLM/A), el Frente Oriental y facciones del Partido Umma y el Partido Unionista Democrático (DUP). Este acuerdo de paz con el SPLM/A concedió a Sudán del Sur una autonomía de seis años, a la que seguiría un referéndum sobre la independencia en 2011. Según la nueva constitución de 2005, la Legislatura Nacional bicameral es el parlamento oficial sudanés, y se divide en dos cámaras: la Asamblea Nacional, una cámara baja con 450 escaños, y el Consejo de Estados, una cámara alta con 50 escaños. Por lo tanto, el parlamento está formado por un total de 500 miembros designados, donde todos son elegidos indirectamente por las legislaturas estatales para desempeñar mandatos de seis años.
A pesar de su orden de arresto internacional, Omar al-Bashir fue reelegido en las elecciones presidenciales sudanesas de 2010, las primeras elecciones democráticas en las que participaron varios partidos políticos en nueve años. Su rival político fue el vicepresidente Salva Kiir Mayardit, actual líder del SPLA.
En diciembre de 1999, llegó a su punto álgido una lucha por el poder entre el presidente Omar al-Bashir y Hassan al-Turabi, fundador del NIF, ideólogo islamista y presidente del Parlamento. Al-Turabi fue despojado de sus cargos en el partido gobernante y en el gobierno, se disolvió el parlamento, se suspendió la constitución y se declaró el estado de emergencia nacional por decreto presidencial. El Parlamento se reanudó en febrero de 2001, tras las elecciones presidenciales y parlamentarias de diciembre de 2000, pero las leyes de emergencia nacional siguen vigentes. Por la misma época se publicó el Libro Negro, un manuscrito de occidentales disidentes en el que se detalla la dominación de los pueblos del norte. Al-Turabi fue detenido en febrero de 2001 y acusado de ser una amenaza para la seguridad nacional y el orden constitucional por firmar un memorando de entendimiento con el SPLM/A. Estuvo en una prisión de máxima seguridad hasta que fue liberado en 2005.
Como parte del acuerdo que ponía fin a la segunda guerra civil sudanesa, nueve miembros del SPLM/A y 16 miembros del gobierno juraron como ministros el 22 de septiembre de 2005, formando el primer gobierno de unidad nacional de la posguerra. La toma de posesión se retrasó debido a las discusiones sobre quién obtendría las distintas carteras y a la muerte del vicepresidente John Garang. El Partido del Congreso Nacional mantuvo el control de los puestos clave de energía, defensa, interior y finanzas, mientras que un designado del SPLM se convirtió en ministro de Asuntos Exteriores. Según los informes, el vicepresidente Salva Kiir se echó atrás en la discusión sobre quién tendría el control del vital Ministerio de Energía y Minas, que maneja la producción de los campos petrolíferos de Sudán.
El 11 de abril de 2019, al-Bashir y su gobierno fueron derrocados en un golpe militar liderado por su primer vicepresidente y ministro de Defensa, que luego estableció la junta militar ahora gobernante. Al día siguiente, Auf entregó el poder al teniente general Abdel Fattah Abdelrahman Burhan.