Vida vegetal
La parte superior (sur), relativamente húmeda, de la cuenca está cubierta de sabanas (pastizales con parches de árboles), llamadas cerrados, y de bosques de árboles mixtos de hoja perenne y caduca. Las maderas duras incluyen la jacaranda, el cedro y el vinhatico; también crecen cactus cochinilla, aloes y plantas de vainilla. La vegetación de caatinga (palabra tupí-guaraní que significa «bosque blanco») es característica de la cuenca media, una zona de bosque achaparrado y a menudo espinoso. Entre las especies arbóreas dominantes están las leguminosas catingueiras y juremas, miembros de la familia de las euforbias, y la barriguda (un árbol parecido a una palma de la familia de las bombacáceas); las bromelias (plantas con hojas basales, a menudo espinosas) y una gran variedad de cactus constituyen el sotobosque. Entre las especies económicamente útiles se encuentran la caroa, utilizada por sus fibras; el ricino; las palmas de aceite, carnauba y dátiles; y los anacardos y el caucho.
La zona de cataratas se encuentra en el interior seco de Brasil, conocido como el sertão. La escasa pluviometría de la zona sólo permite el crecimiento de matorrales y hierbas xerófilas (resistentes a la sequía). Los bosques secos de las colinas albergan palmeras de carnauba y babasú y plantas como el cactus, la jara y el rododendro. Una planta inusual de la región del sertão es el aveloz de hoja perenne, que puede alcanzar una altura de 15 a 20 pies y se utiliza como seto para marcar los límites del campo. El agua subterránea de la región suele ser demasiado salina para el riego o la bebida.
El bajo São Francisco fluye a través de una llanura aluvial de suelos limosos finos, y en ella prospera el bosque tropical semicaducifolio. Sin embargo, la mayor parte de la vegetación original que crecía a lo largo del río ha sido talada para la agricultura.