En junio de 1905, se pidió a Witte que negociara el fin de la guerra ruso-japonesa. El Nicolás II quedó satisfecho con su actuación y fue incorporado al gobierno para ayudar a resolver el malestar industrial que había seguido al Domingo Sangriento. Witte señaló: «Con muchas nacionalidades, muchas lenguas y una nación en gran parte analfabeta, la maravilla es que el país pueda mantenerse unido incluso mediante la autocracia. Recordad una cosa: si el gobierno del zar cae, veréis un caos absoluto en Rusia, y pasarán muchos años largos antes de que veáis otro gobierno capaz de controlar la mezcla que compone la nación rusa.» (13)
Emile J. Dillon, un periodista que trabajaba para el Daily Telegraph, estaba de acuerdo con el análisis de Witte: «Witte… me convenció de que cualquier revolución democrática, por muy pacífica que fuera, abriría las puertas de par en par a las fuerzas del anarquismo y rompería el imperio. Y una mirada a la mera yuxtaposición mecánica -no podría llamarse unión- de elementos tan conflictivos entre sí como eran las secciones y divisiones étnicas, sociales y religiosas de los súbditos del zar habría hecho ver esta verdad evidente a la mente de cualquier estudiante imparcial y observador de la política.» (14)
En octubre de 1905, los ferroviarios iniciaron una huelga que paralizó toda la red ferroviaria rusa. Esto se convirtió en una huelga general. León Trotsky recordó más tarde: «Después del 10 de octubre de 1905, la huelga, ahora con consignas políticas, se extendió desde Moscú a todo el país. Nunca antes se había visto una huelga general de este tipo en ningún lugar. En muchas ciudades hubo enfrentamientos con las tropas». (15)
Witte sólo veía dos opciones abiertas al Trar; «o bien debe ponerse a la cabeza del movimiento popular por la libertad haciéndole concesiones, o bien debe instituir una dictadura militar y reprimir por la fuerza desnuda a toda la oposición». Sin embargo, señaló que cualquier política de represión provocaría un «derramamiento de sangre masivo». Su consejo era que el zar debía ofrecer un programa de reformas políticas. (16)
Nicholas escribió en su diario: «Durante todos estos horribles días, me encontré constantemente con Witte. Muy a menudo nos encontrábamos por la mañana temprano para separarnos sólo por la tarde, cuando caía la noche. Sólo había dos caminos abiertos: encontrar un soldado enérgico y aplastar la rebelión por la fuerza. Eso significaría ríos de sangre, y al final estaríamos donde habíamos empezado. La otra salida sería conceder al pueblo sus derechos civiles, la libertad de expresión y de prensa, y también que las leyes fueran conformadas por una Duma estatal, que por supuesto sería una constitución. Witte defiende esto con mucha energía». (17)
El Gran Duque Nikolai Romanov, primo segundo del Zar, era una figura importante en el ejército. Se mostró muy crítico con la forma en que el zar abordó estos incidentes y se mostró partidario del tipo de reformas propiciadas por Sergei Witte: «El gobierno (si es que lo hay) sigue permaneciendo en una completa inactividad… un estúpido espectador de la marea que poco a poco va engullendo el país.» (18)
El 22 de octubre de 1905, Sergei Witte envió un mensaje al Zar: «El actual movimiento por la libertad no es de nuevo cuño. Sus raíces se hunden en siglos de historia rusa. La libertad debe convertirse en el lema del gobierno. No existe ninguna otra posibilidad para la salvación del Estado. La marcha del progreso histórico no puede detenerse. La idea de la libertad civil triunfará, si no a través de la reforma, por el camino de la revolución. El gobierno debe estar dispuesto a proceder por la vía constitucional. El gobierno debe luchar sincera y abiertamente por el bienestar del Estado y no esforzarse por proteger tal o cual tipo de gobierno. No hay alternativa. El gobierno debe ponerse a la cabeza del movimiento que se ha apoderado del país o debe cederlo a las fuerzas elementales para que lo hagan pedazos.» (19)
A finales de ese mes, León Trotsky y otros mencheviques crearon el Soviet de San Petersburgo. El 26 de octubre se celebró la primera reunión del Soviet en el Instituto Tecnológico. Sólo asistieron cuarenta delegados, ya que la mayoría de las fábricas de la ciudad tenían tiempo para elegir a sus representantes. Se publicó una declaración en la que se afirmaba: «En los próximos días tendrán lugar en Rusia acontecimientos decisivos que determinarán durante muchos años el destino de la clase obrera en Rusia. Debemos estar plenamente preparados para hacer frente a estos acontecimientos unidos a través de nuestro Soviet común.» (20)
Durante las siguientes semanas se formaron más de 50 de estos soviets en toda Rusia y estos acontecimientos se conocieron como la Revolución de 1905. Witte siguió aconsejando al zar que hiciera concesiones. El Gran Duque Nikolai Romanov estuvo de acuerdo e instó al zar a introducir reformas. El zar se negó y le ordenó que asumiera el papel de dictador militar. El Gran Duque sacó su pistola y amenazó con dispararse en el acto si el Zar no aprobaba el plan de Witte. (21)
El 30 de octubre, el zar aceptó a regañadientes publicar los detalles de las reformas propuestas que se conocieron como el Manifiesto de Octubre. En él se concedía la libertad de conciencia, de expresión, de reunión y de asociación. También prometió que en el futuro no se encarcelaría a la gente sin juicio previo. Por último, anunció que ninguna ley entraría en vigor sin la aprobación de la Duma Estatal. Se ha señalado que «Witte vendió la nueva política con toda la contundencia a su alcance». También hizo un llamamiento a los propietarios de los periódicos de Rusia para que «me ayuden a calmar las opiniones». (22)
Estas propuestas fueron rechazadas por el Soviet de San Petersburgo: «Nos dan una constitución, pero el absolutismo permanece… El proletariado revolucionario en lucha no puede deponer las armas hasta que se establezcan los derechos políticos del pueblo ruso sobre una base firme, hasta que se establezca una república democrática, el mejor camino para el progreso ulterior hacia el Socialismo.» (23) El Zar culpó a Witte de esto y escribió en su diario «Mientras viva, no volveré a confiar a ese hombre (Witte) la más mínima cosa». (24)
Al enterarse de la publicación del Manifiesto de Octubre, el padre Georgi Gapon regresó a Rusia e intentó obtener permiso para reabrir la Asamblea de Trabajadores Rusos de San Petersburgo. Sin embargo, Sergei Witte se negó a recibirlo. En su lugar, le envió un mensaje amenazando con arrestarle si no abandonaba el país. Estaba dispuesto a ofrecer un trato que implicaba que Gapon saliera abiertamente en apoyo de Witte y condenara toda nueva actividad insurreccional contra el régimen. A cambio, se le dio la promesa de que, una vez terminada la crisis, Gapon sería autorizado a volver a Rusia y podría continuar con sus actividades sindicales. (25)
El Zar decidió tomar medidas contra los revolucionarios. Trotsky explicó más tarde que: «En la noche del 3 de diciembre el Soviet de San Petersburgo fue rodeado por las tropas. Todas las salidas y entradas estaban cerradas». León Trotsky y los demás dirigentes del Soviet fueron arrestados. Trotsky fue exiliado a Siberia y privado de todos los derechos civiles. Trotsky explicó que había aprendido una importante lección política, «la huelga de los trabajadores había puesto de rodillas por primera vez al zarismo.» (26)
Georgi Gapon cumplió su parte del trato. Siempre que pudo concedió entrevistas de prensa alabando a Sergei Witte y llamando a la moderación. El biógrafo de Gapon, Walter Sablinsky, ha señalado: «Esto, por supuesto, le valió vehementes denuncias de los revolucionarios… De repente, el héroe revolucionario se había convertido en un ardiente defensor del gobierno zarista». La ira aumentó cuando quedó claro que Witte estaba decidido a pacificar el país por la fuerza y todos los líderes revolucionarios fueron arrestados. (27)