Exploatarea forestieră selectivă este practica de a elimina doar una sau două specii de arbori dintr-o anumită zonă. După cum s-a menționat anterior, exploatarea forestieră selectivă este o metodă mai eficientă în comparație cu tăierile la ras, dar există totuși efecte negative. Exploatarea forestieră selectivă în pădurea tropicală amazoniană a trecut de la recoltarea unui volum redus de una sau două specii la un sistem care poate exploata mai multe specii și rămâne profitabil. Aceasta este una dintre numeroasele utilizări ale terenurilor în dezvoltarea frontierelor din Amazon. Cu toate acestea, creșterea acestei industrii nu este corelată cu un management eficient și cu tehnici de recoltare mai bune. Deși există multe progrese în gestionarea pădurilor, cum ar fi exploatarea forestieră cu impact redus (RIL), acestea nu au fost adoptate pe scară largă. Printre motivele pentru care tehnicile dăunătoare de exploatare forestieră selectivă sunt preferate în detrimentul RIL se numără: drepturi de proprietate neclare, costuri de tranzacție guvernamentale ridicate și lipsa de informații accesibile privind tehnicile de gestionare a pădurilor. RIL afectează, de asemenea, regenerarea copacilor, deoarece creează goluri mai mici în coronament care restricționează lumina naturală de care au nevoie copacii care se regenerează pentru a supraviețui.
Două modalități de a obține permisiunea de a exploata pădurile din Amazonia braziliană sunt planurile de gestionare a pădurilor reglementate de politici și defrișările. Aproape 15 milioane de metri cubi de lemn au fost înregistrați prin aceste permisiuni între 2000 și 2004, dar peste 24 de milioane de metri cubi (850×106 picioare cubi) au fost înregistrați între 1998 și 2004. O mare parte din producția din acești ani a provenit din tăieri ilegale. Exploatarea forestieră ilegală duce la pierderi de taxe guvernamentale și la un progres economic slab în sectoarele legate de exploatarea forestieră. În plus, exploatarea forestieră ilegală duce la sărăcirea pădurilor, la pierderea biodiversității și la creșterea probabilității de incendiu.
Intensitatea cu care sunt exploatate toate operațiunile de exploatare forestieră are un efect direct asupra progresului ecologic. Inițial, învelișul forestier scade ca urmare a exploatării selective, ceea ce duce la o încetinire a creșterii pădurilor, a proceselor hidrologice și a aprovizionării cu hrană. Pe lângă modificarea structurii pădurii, exploatarea forestieră selectivă modifică, de asemenea, ciclul carbonului, precum și alte procese biogeochimice cheie care ajută la controlul și menținerea productivității pădurilor. Efectele exploatării forestiere selective pot fi împărțite în trei componente majore: deteriorarea solului ca urmare a operațiunilor de recoltare, modelele temporale ale fracției de goluri din coronament în cadrul fiecărei categorii de deteriorare a solului și modificările temporale ale fracției de goluri rezultate în urma tăierii copacilor. Fracția golului din coronament este efectul integrat al mai multor proprietăți biofizice dependente de scară, care oferă informații despre deschiderea coronamentului după exploatarea forestieră selectivă. Traseele sunt cele care contribuie cel mai mult la pagubele la sol, dar platformele de bușteni și drumurile au fost componente mici ale pagubelor totale la sol. Cu toate acestea, diferite metode și tehnici de recoltare determină niveluri diferite de daune la sol. În ciuda unor tehnici de recoltare similare, metodele convenționale de exploatare forestieră produc mai multe pagube la sol decât exploatarea forestieră cu impact redus.
Exploatarea forestieră selectivă este una dintre numeroasele utilizări ale terenurilor din Amazonia braziliană, dar crește, de asemenea, accesul uman la păduri prin dezvoltarea unei multitudini de drumuri de exploatare. Aceste drumuri permit un acces mai ușor la locurile de exploatare, dar facilitează și accesul vânătorilor la terenurile forestiere, ceea ce reduce biodiversitatea din pădure. De asemenea, este foarte probabil ca exploatările forestiere să aibă loc în jurul acestor drumuri, deoarece ușurința accesului permite obținerea unui profit mai mare. Acest lucru conduce la fracții de goluri mari și la rate ridicate de despădurire. În mod inevitabil, probabilitatea de defrișare este mai mare în cazul unei exploatări forestiere selective prost gestionate decât în cazul celor care nu sunt gestionate. Aceste creșteri ale deschiderilor în coronament duc la degradare și la creșterea susceptibilității la incendii. Fragmentarea pădurilor este, de asemenea, determinată ca urmare a exploatării forestiere cu impact ridicat. Impactul exploatării forestiere în Amazonia braziliană are ca rezultat fragmentarea pădurilor pe măsură ce noi suprafețe de păduri sunt produse fie pentru tăieri clare, fie pentru exploatări forestiere selective.
Peste jumătate din operațiunile de exploatare forestieră selectivă din Amazonia au fost ilegale la începutul anilor 2000. Deoarece o mare parte din practicile de exploatare forestieră erau nereglementate, operațiunile de extracție cu daune mari au făcut ca terenurile forestiere să fie sensibile la secetă și incendii. În pădurile recent exploatate, fracțiunile de goluri din coronament sunt cele mai mari în punțile de bușteni, însă efectul general asupra fracțiunii de goluri din pădure este neglijabil din cauza suprafeței mici a punților
.