Pienen alayksikön (SSU) 18S rRNA-geeni on yksi yleisimmin käytetyistä geeneistä fylogeneettisissä tutkimuksissa ja tärkeä merkkiaine satunnaista kohdepolymeraasiketjureaktiota (PCR) varten ympäristön biologisen monimuotoisuuden seulonnassa. Yleensä rRNA-geenin sekvensseihin on helppo päästä käsiksi hyvin konservoituneiden liitännäisalueiden ansiosta, mikä mahdollistaa universaalien alukkeiden käytön. Niiden toistuva sijoittelu genomissa tarjoaa PCR:ää varten liian suuren määrän templaatti-DNA:ta jopa pienimmissä organismeissa. 18S-geeni on osa ribosomien toiminnallista ydintä, ja se altistuu samanlaisille valikoiville voimille kaikissa elävissä olennoissa. Kun ensimmäiset 18S-sekvensseihin perustuvat laajamittaiset fylogeneettiset tutkimukset julkaistiin (esim. Field ym., 1988), geeniä juhlittiin ensisijaisena ehdokkaana metazoan elämänpuun rekonstruoimiseksi. Myöhemmin 18S-sekvenssit antoivat todisteita Ecdysozoa- ja Lophotrochozoa-klaadien (yhteisen esi-isän ja kaikkien sen lineaaristen jälkeläisten muodostama monofyleettinen eliöryhmä) jakautumisesta, mikä osaltaan vaikutti viimeisimpään vallankumoukselliseen muutokseen käsityksessämme metazoottien sukulaisuussuhteista.
2000-luvun jälkimmäisellä puoliskolla ja molekulaarisiin fylogenioihin sisällytettyjen taksonien lukumäärän kasvaessa kaksi ongelmaa tuli kuitenkin ilmeiseksi. Ensinnäkin tiettyjen taksonien, kuten nilviäisluokkien Solenogastres ja Tryblidia, valittujen simpukkataksonien ja arvoituksellisen äyriäisluokan Remipedia edustajien sekvensoinnissa on vallitsevia esteitä. Yksittäisten taksonien 18S-sekvenssien saamatta jäämistä pidetään yleisenä ilmiönä, mutta siitä raportoidaan harvoin. Toiseksi, toisin kuin alun perin toivottiin, 18S ei pysty ratkaisemaan solmuja kaikilla taksonomisilla tasoilla, ja sen tehokkuus vaihtelee huomattavasti kladien välillä. Tätä on pidetty lyhyen ajan sisällä tapahtuvan nopean muinaisen säteilyn vaikutuksena. Monigeenianalyysien uskotaan tällä hetkellä antavan luotettavampia tuloksia Metazoan syvien haarautumistapahtumien jäljittämiseksi, mutta 18S:ää käytetään edelleen laajasti fylogeneettisissä analyyseissä.