1000 Genomes data in Ensembl
Ensembl tarjoaa genomiselaimen, jossa 1000 Genomes -hankkeen dataa voidaan tarkastella monenlaisten muiden tietolähteiden ohella, sekä pääsyn työkaluihin, joilla voidaan työskennellä 1000 Genomes -tiedon ja muiden tietokokonaisuuksien kanssa.
Ensemblissä dataa voi tarkastella joko GRCh37-referenssikokoonpanossa (jota käytettiin 1000 Genomia -hankkeen loppuvaiheessa) tai nykyisessä referenssigenomissa, GRCh38:ssa.
- Ensembl GRCh37 – katsele 1000 Genomes Projectin dataa projektissa käytetyllä referenssigenomilla
- Ensembl GRCh38 – katsele 1000 Genomes Projectin dataa nykyisellä ihmisen referenssigenomilla
1000 Genomes Projectin aikana dataa jaettiin mahdollisimman pian varhaisen pääsyn selaimilla (early access browsereiden kautta) projektin jokaisessa datan tuotantovaiheessa. Nämä luotiin mahdollistamaan selailu ennen kuin tiedot olivat saatavilla Ensemblissä, ja ne on nyt poistettu käytöstä. Jos sinulla on tähän liittyviä kysymyksiä, ota yhteyttä osoitteeseen [email protected].
Ohjeita ja oppaita
Vihjeitä Ensembliin on sekä Ensemblin pääsivustolla että heidän blogissaan.
NCBI tarjoaa myös sivustollaan isännöidyn 1000 genomia -selaimen.