Vaihtoehtoinen lähestymistapa ympäristösääntelyyn on komento- ja valvontamalli. Se on paljon määräävämpi kuin markkinapohjaiset välineet. Komento- ja ohjauskeinoja ovat muun muassa päästöstandardit, prosessi-/laitteistomäärittelyt, tuotantopanosten/tuotosten/päästöjen rajoitukset, tietojen julkistamista koskevat vaatimukset ja tarkastukset. Komento- ja valvontamekanismeja on kritisoitu siitä, että ne rajoittavat teknologiaa, koska yrityksillä ei ole kannustimia innovoida. Empiiriset tutkimukset ovat osoittaneet päinvastaista; ulkoiset hinnanmuutokset voivat saada aikaan innovaatiota, kun yritykset joutuvat puuttumaan ali-investointien aiheuttamaan markkinahäiriöön.
Markkinapohjaiset välineet eivät velvoita yrityksiä käyttämään tiettyä teknologiaa tai vähentämään päästöjään saman verran, mikä antaa yrityksille suuremman liikkumavaran pilaantumisen hallinnan lähestymistavoissaan. Komento- ja valvontamenetelmistä voi kuitenkin olla hyötyä lähtökohtana silloin, kun sääntelyviranomaiset kohtaavat merkittävän ongelman, mutta niillä on liian vähän tietoa markkinapohjaisen välineen käyttöönoton tueksi. Komento- ja valvontamenetelmiä voidaan suosia myös silloin, kun sääntelyviranomaisilla on edessään ohuet markkinat, joilla potentiaalisten kauppakeskittymien rajallisuus merkitsee sitä, että markkinapohjaisesta välineestä saatava hyöty ei ylittäisi kustannuksia (mikä on markkinapohjaisen lähestymistavan onnistumisen perusedellytys).
Markkinapohjaiset välineet voivat myös olla sopimattomia sellaisten päästöjen käsittelyssä, joilla on paikallisia vaikutuksia, koska kaupankäynti rajoitettaisiin kyseiselle alueelle. Ne voivat olla sopimattomia myös sellaisten päästöjen osalta, joilla on maailmanlaajuisia vaikutuksia, koska kansainvälistä yhteistyötä voi olla vaikea saada aikaan.
Ympäristöaktivistit vastustivat aluksi monista eri syistä markkinapohjaisten välineiden käyttöä muutoin kuin hyvin rajoitetuin ehdoin. Kuitenkin sen jälkeen, kun vapaasti kaupattavia hyvityksiä käytettiin menestyksekkäästi lyijyn asteittaisessa vähentämisessä Yhdysvalloissa, ympäristöaktivistit myönsivät, että kaupankäyntimarkkinoilla on myös ympäristöhyötyjä. Sen jälkeen, alkaen happosateiden päästöoikeuksien markkinoita koskevasta ehdotuksesta, ympäristöaktivistit ovat tukeneet kaupankäynnin käyttöä monissa eri yhteyksissä.