Novaa on kritisoitu siitä, että se ei aina arvioi kirjoittajia akateemisen vertaisarviointiprosessin kautta ja että se julkaisee uudelleen vanhoja julkisia kirjanlukuja ja vapaasti saatavilla olevia hallituksen raportteja korkeaan hintaan. Nämä kritiikit saivat kirjastonhoitaja Jeffrey Beallin kirjoittamaan, että hänen mielestään Nova Science Publishers kuuluu kustantajien ”alimpaan luokkaan”.
Tuoreessa kyselytutkimuksessa, joka koski tieteellisten kirjojen kustantajien kansallisia ja kansainvälisiä tietokantoja (mukaan luettuina Book Citation Index, Scopus, CRIStin, JUFO, VIRTA ja SPI), todettiin, että Nova on yksi ”niiden kustantajien ytimestä, jotka indeksoidaan kaikissa viidessä” kyselyyn osallistuneessa tietojärjestelmässä. Tähän ”ytimeen” kuului 46 kustantajaa 3 765:stä tunnistetusta kustantajasta.
Vuonna 2011 tehdyssä raportissa, joka koski 21 kansainvälistä yhteiskuntatieteellistä kirjakustantajaa ja jossa määritettiin kirjojen levinneisyys kansainvälisille markkinoille ja maininta kirjoista kansainvälisissä tieteellisissä indeksijärjestelmissä, kuten Cambridge Scientific Abstracts, Nova Science Publishers sijoittui 17. sijalle 21:stä. Vuonna 2017 tehdyssä kirjakustantamoiden ranking-tutkimuksessa Nova Science Publishers sijoittui korkealle julkaistujen kirjojen lukumäärän perusteella, mutta lähelle viimeistä sijaa kirjaa kohden tehtyjen viittausten määrän perusteella. Saman kirjoittajan vuonna 2018 laatima raportti osoittaa nyt, että Nova sijoittuu 51:n parhaan joukkoon seuraavissa asioissa: 1. yrityksen yleinen maailmanlaajuinen asema; 2. yrityksen asema markkinatekijänä; 3. yrityksen vaikutus maailmanlaajuiseen poliittiseen ja taloudelliseen keskusteluun; 4. menestyksekäs bestsellerien jakelu; 5. vaikutus tiedeyhteisöön; 6. menestyksekäs tuotannon jakelu yli 50:een maailmanlaajuiseen Worldcat-kirjastoon; 7. tuotos viimeisten viiden vuoden aikana; 8. erinomainen akateeminen laatu. Mutta myös vuodesta 2018 lähtien Nova on poistettu Norjan hyväksyttyjen tieteellisten julkaisukanavien luettelosta (Norwegian Register for Scientific Journals, Series and Publishers).