Proteiinimutaatioiden esiintyvyys syövässä
Yllä oleva ”tikkari-diagrammi” havainnollistaa toistuvia (havaittu vähintään 3:ssa tai useammassa 4440:stä TCGA:n kasvainnäytteestä 15:stä eri syöpätyypistä peräisin olevasta syöpäkasvaimen näytteestä) ja näin ollen potentiaalisesti syöpää aiheuttavia missense- eli virheellisyysmutaatioita (napsauttamalla painiketta ”Näytä syövän mutaatiot”). Alla oleva pylväsdiagrammi osoittaa niiden kasvainnäytteiden osuuden, joissa on jonkinlainen muutosmutaatio(t) kyseisessä proteiinissa.
Lisätietoja syöpätietojen integroinnista PhosphoSitePlus-ohjelmaan:
Integroimme 4440 kasvainnäytettä 15 syöpätyypistä TCGA:sta (The Cancer Genome Atlas). Yksityiskohtaisempien mutaatiotietojen hakemiseen suosittelemme cBioPortalia.
Integroimme seuraavat syöpätyypit:
– Akuutti myelooinen leukemia (TCGA, NEJM 2013)
– Virtsarakon uroteelikarsinooma (TCGA, Nature 2014)
– Rintojen invasiivinen karsinooma (TCGA, Cell 2015)
– Kolorektaalinen adenokarsinooma (TCGA, Nature 2012)
– Glioblastooma (TCGA, Cell 2013)
– Pään ja kaulan levyepiteelisyöpä (TCGA, Nature 2015)
– Munuaisten kromofobinen karsinooma (TCGA, Cancer Cell 2014)
– Munuaisten munuaisten kirkassolusyöpä (TCGA, Nature 2013)
– Keuhkojen adenokarsinooma (TCGA, Nature 2014)
– Keuhkojen okasolusyöpä (TCGA, Nature 2012)
– Munasarjojen seroottinen kystadenokarsinooma (TCGA, Nature 2011)
– Papillaarinen kilpirauhassyöpä (TCGA, Cell 2014)
– Eturauhasen adenokarsinooma (TCGA, Cell 2015)
– Mahalaukun adenokarsinooma (TCGA, Nature 2014)
– Kohdunrungon endometriumsyöpä (TCGA, Nature 2013)
– Kohdunrungon endometriumsyöpä (TCGA, Nature 2013)