Kasvilajisto
Sao Francisco -joen vesistöalueen ylempi (eteläinen), suhteellisen kostea osa peittyy savannilla (ruohikkoalueet, joilla on puita), joita kutsutaan cerradoiksi, sekä iki- ja lehtipuiden sekametsillä. Kovapuita ovat muun muassa jacaranda, brasilialainen setri (cedro) ja vinhatico; siellä kasvaa myös kookoskaktusta, aloeta ja vaniljakasveja. Keskimmäiselle vesistöalueelle on tyypillistä caatinga-kasvillisuus (Tupí-Guaraní-sanasta, joka tarkoittaa ”valkoista metsää”), joka on kitukasvuista, usein piikkistä metsää. Vallitseviin puulajeihin kuuluvat palkokasvit catingueiras ja juremas, jotka kuuluvat euphorbia-heimoon, sekä barrigudapuu (Bombacaceae-heimoon kuuluva palmunmuotoinen puu); aluskasvillisuuden muodostavat bromeliadit (kasvit, joilla on pohjimmaiset, usein piikikkäät lehdet) ja monenlaiset kaktukset. Taloudellisesti hyödyllisiä lajeja ovat mm. kuitujensa vuoksi käytetty karoa, risiiniöljykasvi, öljy-, karnauba- ja taatelipalmut sekä cashew- ja kumipuut.
Putoamisvyöhyke sijaitsee Brasilian kuivassa sisämaassa, joka tunnetaan nimellä sertão. Alueen vähäinen sademäärä mahdollistaa vain kserofyyttisten (kuivuutta kestävien) pensaiden ja ruohojen kasvun. Kumpuilevien ylänköjen kuivissa metsissä kasvaa karnauba- ja babassupalmuja sekä sellaisia kasveja kuin kaktus, kallioruusu ja rhododendron. Yksi Sertãon alueen epätavallinen kasvi on ikivihreä aveloz, joka voi kasvaa 15-20 jalan korkuiseksi ja jota käytetään pensasaitauksena peltojen rajojen merkitsemiseen. Alueen maanalainen vesi on usein liian suolaista kasteluun tai juomiseen.
São Franciscon alajuoksu virtaa hienojakoisen silttipohjaisen tulva-alueen läpi, ja siellä viihtyy trooppinen puolilehtimetsä. Suurin osa joen varrella kasvaneesta alkuperäisestä kasvillisuudesta on kuitenkin raivattu maanviljelyä varten.