Kesäkuussa 1905 Witteä pyydettiin neuvottelemaan Venäjän ja Japanin sodan lopettamisesta. Nikolai II oli tyytyväinen hänen suoritukseensa ja hänet otettiin hallitukseen auttamaan verisunnuntaita seuranneiden teollisuuslevottomuuksien ratkaisemisessa. Witte huomautti: ”Kun maassa on monia kansallisuuksia, monia kieliä ja kansa on suurelta osin lukutaidoton, on ihme, että maa voidaan pitää koossa jopa itsevaltiuden avulla. Muistakaa yksi asia: jos tsaarin hallitus kaatuu, näette Venäjällä täydellisen kaaoksen, ja menee monta pitkää vuotta ennen kuin näette toisen hallituksen, joka kykenee hallitsemaan sitä sekamelskaa, josta Venäjän kansa koostuu.” (13)
Emile J. Dillon, Daily Telegraphille työskentelevä toimittaja, oli samaa mieltä Witten analyysistä: ”Witte… sai minut vakuuttuneeksi siitä, että mikä tahansa demokraattinen vallankumous, vaikka se tapahtuisi kuinka rauhanomaisesti, avaisi portit auki anarkismin voimille ja hajottaisi imperiumin. Ja vilkaisu pelkkään mekaaniseen vastakkainasetteluun – sitä ei voinut kutsua liitoksi – elementeistä, jotka olivat keskenään niin ristiriitaisia kuin tsaarin alamaisten etniset, sosiaaliset ja uskonnolliset osastot ja jakolinjat, olisi tuonut tämän ilmeisen totuuden jokaisen puolueettoman ja tarkkaavaisen politiikan opiskelijan mieleen.” (14)
Lokakuussa 1905 rautatieläiset aloittivat lakon, joka halvaannutti koko Venäjän rautatieverkon. Tästä kehittyi yleislakko. Leon Trotski muisteli myöhemmin: ”Lokakuun 10. päivän 1905 jälkeen lakko, nyt poliittisin iskulausein, levisi Moskovasta koko maahan. Tällaista yleislakkoa ei ollut koskaan aikaisemmin nähty missään. Monissa kaupungeissa oli yhteenottoja joukkojen kanssa.” (15)
Witte näki Trarille vain kaksi vaihtoehtoa; ”joko hänen on asetuttava kansan vapausliikkeen johtoon tekemällä sille myönnytyksiä tai hänen on perustettava sotilasdiktatuuri ja tukahdutettava paljaalla voimalla koko oppositio”. Hän kuitenkin huomautti, että mikä tahansa tukahduttamispolitiikka johtaisi ”joukkoverenvuodatukseen”. Hänen neuvonsa oli, että tsaarin olisi tarjottava poliittinen uudistusohjelma. (16)
Nicholas kirjoitti päiväkirjaansa: ”Kaikkina näinä kauheina päivinä tapasin jatkuvasti Witteä. Tapasimme hyvin usein varhain aamulla erottuaksemme toisistamme vasta illalla, kun yö laskeutui. Oli vain kaksi keinoa; löytää tarmokas sotilas ja murskata kapina pelkällä voimalla. Se merkitsisi verivirtauksia, ja lopulta olisimme siellä, mistä olimme aloittaneet. Toinen ulospääsy olisi antaa kansalle kansalaisoikeudet, sanan- ja lehdistönvapaus sekä se, että valtiollinen duuma säätäisi lait – se olisi tietysti perustuslaki. Witte puolustaa tätä hyvin tarmokkaasti.” (17)
Suuriruhtinas Nikolai Romanov, tsaarin pikkuserkku, oli tärkeä sotilashahmo. Hän suhtautui erittäin kriittisesti tapaan, jolla tsaari käsitteli näitä tapahtumia, ja kannatti Sergei Witten kannattamia uudistuksia: ”Hallitus (jos sellainen on) pysyttelee edelleen täydellisessä passiivisuudessa… typeränä sivustakatsojana vuorovedelle, joka vähitellen nielaisee maan”. (18)
22. lokakuuta 1905 Sergei Witte lähetti tsaarille viestin: ”Nykyinen vapausliike ei ole uudestisyntynyt. Sen juuret ovat syvällä Venäjän vuosisatojen historiassa. Vapaudesta on tultava hallituksen iskulause. Mitään muuta mahdollisuutta valtion pelastamiseksi ei ole olemassa. Historiallisen kehityksen kulkua ei voi pysäyttää. Kansalaisvapauden aate voittaa, jos ei uudistusten kautta, niin vallankumouksen tiellä. Hallituksen on oltava valmis etenemään perustuslaillisilla linjoilla. Hallituksen on vilpittömästi ja avoimesti pyrittävä valtion hyvinvointiin eikä pyrittävä suojelemaan sitä tai tätä hallitusmuotoa. Vaihtoehtoa ei ole. Hallituksen on joko asetuttava sen liikkeen johtoon, joka on ottanut maan haltuunsa, tai sen on luovutettava se alkeellisille voimille, jotka repivät sen palasiksi.” (19)
Lopussa samassa kuussa Leon Trotski ja muut menshevikit perustivat Pietarin Neuvostoliiton. Lokakuun 26. päivänä Neuvostoliiton ensimmäinen kokous pidettiin Teknillisessä instituutissa. Siihen osallistui vain neljäkymmentä edustajaa, koska useimmat kaupungin tehtaat ehtivät valita edustajat. Se julkaisi julkilausuman, jossa väitettiin: ”Lähipäivinä Venäjällä tapahtuu ratkaisevia tapahtumia, jotka määräävät moneksi vuodeksi työväenluokan kohtalon Venäjällä. Meidän on oltava täysin valmistautuneita selviytymään näistä tapahtumista yhtenäisinä yhteisen neuvostomme kautta.” (20)
Seuraavien viikkojen aikana muodostettiin yli 50 tällaista neuvostoa eri puolille Venäjää, ja nämä tapahtumat tulivat tunnetuiksi vuoden 1905 vallankumouksena. Witte neuvoi edelleen tsaaria tekemään myönnytyksiä. Suuriruhtinas Nikolai Romanov oli samaa mieltä ja kehotti tsaaria toteuttamaan uudistuksia. Tsaari kieltäytyi ja määräsi sen sijaan hänet sotilasdiktaattorin rooliin. Suuriruhtinas veti pistoolinsa esiin ja uhkasi ampua itsensä paikan päällä, jos tsaari ei hyväksyisi Witten suunnitelmaa. (21)
Lokakuun 30. päivänä tsaari suostui vastahakoisesti julkaisemaan yksityiskohtia ehdotetuista uudistuksista, jotka tulivat tunnetuiksi lokakuun manifestina. Siinä myönnettiin omantunnon-, puhe-, kokoontumis- ja yhdistymisvapaus. Hän myös lupasi, että ihmisiä ei jatkossa vangittaisi ilman oikeudenkäyntiä. Lopuksi hän ilmoitti, että yksikään laki ei tulisi voimaan ilman valtion duuman hyväksyntää. On huomautettu, että ”Witte myi uutta politiikkaa kaikella voimalla, joka hänellä oli käytettävissään”. Hän vetosi myös Venäjän sanomalehtien omistajiin, jotta nämä ”auttaisivat minua rauhoittamaan mielipiteitä”. (22)
Pietarin neuvosto hylkäsi nämä ehdotukset: ”Meille on annettu perustuslaki, mutta absolutismi säilyy… Taisteleva vallankumouksellinen proletariaatti ei voi laskea aseitaan, ennen kuin Venäjän kansan poliittiset oikeudet on vahvistettu vakaalle pohjalle, ennen kuin on perustettu demokraattinen tasavalta, joka on paras tie sosialismiin etenemisen jatkamiseksi.” (23) Tsaari syytti tästä Witteä ja kirjoitti päiväkirjaansa: ”Niin kauan kuin elän, en enää koskaan luota tuohon mieheen (Witte) pienintäkään asiaa.” (24)
Kuultuaan Lokakuun manifestin julkaisemisesta isä Georgi Gapon palasi Venäjälle ja yritti saada luvan avata uudelleen Pietarin venäläisten työläisten kokouksen. Sergei Witte kieltäytyi kuitenkin tapaamasta häntä. Sen sijaan hän lähetti hänelle viestin, jossa uhkasi pidättää hänet, ellei hän poistuisi maasta. Hän oli valmis tarjoamaan sopimusta, johon kuului, että Gapon tulisi avoimesti tukemaan Witteä ja tuomitsemaan kaiken uuden kapinallisen toiminnan hallintoa vastaan. Vastineeksi hän sai lupauksen, että kriisin päätyttyä Gapon päästettäisiin takaisin Venäjälle ja hän voisi jatkaa ammattiyhdistystoimintaansa. (25)
Tsaari päätti ryhtyä toimiin vallankumouksellisia vastaan. Trotski selitti myöhemmin näin: ”Illalla 3. joulukuuta Pietarin neuvostoa piirittivät joukot. Kaikki olemassaolot ja sisäänkäynnit suljettiin”. Leon Trotski ja muut neuvostojohtajat pidätettiin. Trotski karkotettiin Siperiaan ja häneltä riistettiin kaikki kansalaisoikeudet. Trotski selitti saaneensa tärkeän poliittisen opetuksen: ”työläisten lakko oli ensimmäistä kertaa saanut tsaarilaisuuden polvilleen”. (26)
Georgi Gapon piti oman osuutensa sopimuksesta. Aina kun mahdollista hän antoi lehdistöhaastatteluja, joissa hän kehui Sergei Witteä ja kehotti maltillisuuteen. Gaponin elämäkerturi Walter Sablinsky on huomauttanut: ”Vallankumoukselliset tietysti tuomitsivat hänet tästä kiivaasti… Yhtäkkiä vallankumoussankarista oli tullut kiihkeä tsaarihallituksen puolustaja.” Viha kasvoi, kun kävi selväksi, että Witte oli päättänyt rauhoittaa maan väkisin, ja kaikki vallankumousjohtajat pidätettiin. (27)