Sudanin tasavallan poliittinen järjestelmä uudistettiin 30. kesäkuuta 1989 tapahtuneen sotilasvallankaappauksen jälkeen, kun Omar al-Bashir, joka oli tuolloin Sudanin armeijan prikaatinkenraali, johti upseeriryhmää ja syrjäytti pääministeri Sadiq al-Mahdin hallituksen. Uusi sotilashallitus lakkautti al-Bashirin johdolla poliittiset puolueet ja otti kansallisella tasolla käyttöön islamilaisen oikeuskäytännön. Sen jälkeen hänestä tuli kansallisen pelastuksen vallankumousneuvoston (vastaperustettu elin, jolla oli lainsäädäntö- ja toimeenpanovalta siirtymäkaudeksi kutsuttua aikaa varten) puheenjohtaja, ja hän hoiti valtionpäämiehen, pääministerin, asevoimien päällikön ja puolustusministerin tehtäviä. Sen jälkeen kun al-Bashir oli yhdessä Hassan al-Turabin kanssa vakiinnuttanut sharia-lain maan pohjoisosassa, hän suoritti puhdistuksia ja teloituksia armeijan ylemmissä riveissä, kielsi yhdistykset, poliittiset puolueet ja riippumattomat sanomalehdet ja vangitsi johtavia poliittisia henkilöitä ja toimittajia. Vuonna 1993 Sudan muuttui islamilaiseksi totalitaariseksi yksipuoluevaltioksi, kun al-Bashir lakkautti vallankumouksellisen komentaneuvoston ja perusti Kansallisen islamilaisen rintaman (NIF) sekä uuden parlamentin ja hallituksen, joka koostui yksinomaan NIF:n jäsenistä, ja julisti itsensä Sudanin presidentiksi. Tämän seurauksena Sudanin toinen sisällissota Sudanin kansan vapautusarmeijan (SPLA) kanssa vain kiihtyi seuraavina vuosina.
Vuosina 1983-1997 maa oli jaettu viiteen alueeseen pohjoisessa ja kolmeen etelässä, joita kutakin johti sotilaskuvernööri. Vuoden 1989 sotilasvallankaappauksen jälkeen aluekokoukset lakkautettiin. Kansallisen pelastuksen vallankumouksellinen komentaneuvosto lakkautettiin vuonna 1993 ja hallitseva Kansallinen islamilainen rintama (NIF) muodosti Kansallisen kongressipuolueen (NCP), ja uuteen puolueeseen kuului joitakin ei-muslimijäseniä, lähinnä eteläsudanilaisia poliitikkoja, joista osa nimitettiin ministereiksi tai osavaltioiden kuvernööreiksi.
Aluehallintorakenne korvattiin vuonna 1997 luomalla kaksikymmentäkuusi osavaltiota. Presidentti nimittää osavaltioiden johtajat, kabinetit ja ylimmän tason virkamiehet, ja niiden rajalliset budjetit määräytyvät ja jaetaan Khartumista. Tämän seurauksena osavaltiot ovat edelleen taloudellisesti riippuvaisia keskushallinnosta. Khartumin osavaltiota, joka käsittää pääkaupungin ja sitä ympäröiviä alueita, hallinnoi kuvernööri.
Omar al-Bashirin hallituksen ja Sudanin kansan vapautusliikkeen/armeijan (SPLM/A) välillä vuonna 2005 allekirjoitetun kokonaisvaltaisen rauhansopimuksen (CPA) jälkeen Sudaniin nimitettiin väliaikaista perustuslakia noudattaen kansallisen yhtenäisyyden hallitus, jossa pohjoissudanilaisen varapresidentin viran lisäksi luotiin etelää edustavan varapresidentin virka. Tämä mahdollisti sen, että pohjoinen ja etelä saattoivat jakaa öljyvarat tasan, mutta jätti myös sekä pohjoisen että etelän armeijat paikoilleen.
Darfurin rauhansopimuksen jälkeen presidentin korkeimman neuvonantajan virka, neljänneksi korkein perustuslaillinen virka, annettiin Darfurissa toimivan Sudanin vapautusarmeijan (SLA) zaghawalaiselle Minni Minnawille. Toimeenpanovirat jaettiin Kansallisen kongressipuolueen (NCP), Sudanin kansan vapautusliikkeen/armeijan (SPLM/A), itärintaman sekä Umma-puolueen ja Demokraattisen unionistipuolueen (DUP) ryhmittymien kesken. SPLM/A:n kanssa tehdyssä rauhansopimuksessa Etelä-Sudanille myönnettiin autonomia kuudeksi vuodeksi, minkä jälkeen vuonna 2011 järjestettäisiin kansanäänestys itsenäisyydestä. Vuoden 2005 uuden perustuslain mukaan Sudanin virallinen parlamentti on kaksikamarinen kansallinen lainsäädäntöelin, joka jakautuu kahteen kamariin: kansalliskokoukseen, 450-paikkaiseen alahuoneeseen, ja valtioneuvostoon, 50-paikkaiseen ylähuoneeseen. Parlamentissa on siis yhteensä 500 nimitettyä jäsentä, joista kaikki valitaan epäsuorasti osavaltioiden lainsäätäjien toimesta kuuden vuoden toimikaudeksi.
Omar al-Bashir valittiin kansainvälisestä pidätysmääräyksestä huolimatta uudelleen Sudanin presidentinvaaleissa vuonna 2010, jotka olivat ensimmäiset demokraattiset vaalit, joihin osallistui useita poliittisia puolueita yhdeksään vuoteen. Hänen poliittinen kilpailijansa oli varapresidentti Salva Kiir Mayardit, SPLA:n nykyinen johtaja.
Joulukuussa 1999 valtataistelu huipentui presidentti Omar al-Bashirin ja Hassan al-Turabin, NIF:n perustajan, islamistisen ideologin ja parlamentin puhemiehen välillä. Al-Turabi riistettiin viroistaan valtapuolueessa ja hallituksessa, parlamentti hajotettiin, perustuslaki keskeytettiin ja kansallinen hätätila julistettiin presidentin asetuksella. Parlamentti aloitti toimintansa uudelleen helmikuussa 2001 joulukuussa 2000 pidettyjen presidentin- ja parlamenttivaalien jälkeen, mutta kansalliset poikkeuslait ovat edelleen voimassa. Samoihin aikoihin julkaistiin Musta kirja, länsimaisten toisinajattelijoiden käsikirjoitus, jossa kerrottiin yksityiskohtaisesti pohjoisten kansojen ylivallasta. Al-Turabi pidätettiin helmikuussa 2001, ja häntä syytettiin uhasta kansalliselle turvallisuudelle ja perustuslailliselle järjestykselle, koska hän oli allekirjoittanut yhteisymmärryspöytäkirjan SPLM/A:n kanssa. Hänet sijoitettiin huipputurvavankilaan, kunnes hänet vapautettiin vuonna 2005.
Osana Sudanin toisen sisällissodan päättävää sopimusta yhdeksän SPLM/A:n jäsentä ja 16 hallituksen jäsentä vannoivat ministerinvalan 22. syyskuuta 2005, jolloin muodostettiin ensimmäinen sodan jälkeinen kansallisen yhtenäisyyden hallitus. Virkaanastujaiset viivästyivät eri salkkujen saajista käytyjen kiistojen vuoksi ja varapresidentti John Garangin kuoleman vuoksi. Kansallinen kongressipuolue piti hallussaan keskeiset energia-, puolustus-, sisä- ja valtiovarainministerin virat, kun taas SPLM:n nimittämästä henkilöstä tuli ulkoministeri. Varapresidentti Salva Kiirin kerrottiin perääntyneen kiistassa siitä, kuka saisi haltuunsa elintärkeän energia- ja kaivostoiminnan ministeriön, joka käsittelee Sudanin öljykenttien tuotantoa.
Huhtikuun 11. päivänä 2019 al-Bashir ja hänen hallituksensa syrjäytettiin sotilasvallankaappauksella, jota johtivat hänen ensimmäinen varapresidenttinsä ja puolustusministerinsä, jotka sen jälkeen perustivat nyt hallitsevan sotilasjuntan. Seuraavana päivänä Auf luovutti vallan kenraaliluutnantti Abdel Fattah Abdelrahman Burhanille.