Asta huolimatta, että Flint River on saanut alkunsa Atlantan lentokentän läheltä, se on kiistatta yksi etelän arvokkaimmista luonnonvaroista. Sukupolvet ovat nauttineet joesta sekä vesiyhteisöjen, maatilojen että teollisuuden voimavarana, mutta myös mahdollisuutena kokea luontoa metsästyksen, kalastuksen, uinnin ja melonnan kautta. Flint on yksi Yhdysvaltojen vain 40:stä joesta, jotka virtaavat yli 200 mailia esteettömästi. Viimeaikaiset lainsäädännölliset pyrkimykset patoamaan 50 mailin pituinen Flint-joen osuus Atlantan kasvavan vesikriisin vuoksi ovat johtaneet siihen, että Flint-joki on American Rivers -järjestön julkaiseman kymmenen uhanalaisimman joen luettelon sijalla 2. Voit lukea lisää tästä tarinasta CNN.com-sivustolta, jossa kerrotaan Amerikan 10 uhanalaisinta jokea.
Flint-jokea pidetään yhtenä Kaakkois-Aasian ekologisesti monimuotoisimmista jokialueista, mutta se on myös saastumisvaarassa, sillä se imee itseensä hulevesiä, maatalouden ja teollisuuden hulevesiä virratessaan etelään Atlantan sydämestä. Osana Apalachicola-Chattahoochee-Flint-joen (ACF) jokijärjestelmää Flint on sekaantunut ”kolmen osavaltion vesisotaan”, jossa Georgia, Florida ja Alabama kamppailevat vedenkäyttöoikeuksista Atlantan jatkaessa kasvuaan yli resurssiensa.
Muinaiset itäisen metsämaan heimot, jotka asettuivat asumaan lähelle nykyistä Albanyn kaupunkia, nimesivät jokea ja kylää Thronateeskaksi tai Thlonotiaskeksi, joka tarkoitti ”piikivien poimintapaikkaa”. Muskogee-intiaanit kutsuivat jokea Hlonotiskahachiksi. Hlonoto tai ronoto tarkoittaa ”piikiveä” muskogean kielellä. Hernando DeSoto nimesi sen Rio de Capachequiksi, kun hän löysi joen Bainbridgen läheltä perjantaina 5. maaliskuuta 1540. Myöhemmin espanjalaiset kutsuivat sitä Rio Perdernalesiksi, pedernal tarkoittaa espanjaksi ”piikiveä”.
Creek-intiaanit eli Muskogee Nation olivat vakiintunut ja järjestäytynyt kulttuuri, kun de Soto espanjalaisine tutkimusmatkailijaryhmineen saapui Flint-joen laaksoon vuonna 1540. Creekit, jotka paheksuivat valkoisten uudisasukkaiden tunkeutumista heidän mailleen, tukivat brittejä Amerikan vallankumouksen aikana. Sodan jälkeen he joutuivat kohtaamaan lisää uudisasukkaita, jotka etsivät uutta maata puuvillalle, joka oli tuon ajan plantaasinomistajien tärkein peruselintarvike. Huolimatta George Washingtonin pyrkimyksistä integroida intiaanit uuteen amerikkalaiseen kulttuuriin, suhteet huonontuivat, mikä johti Creek-kansan sotaan, jossa Creek-kansa pyrki saamaan haltuunsa maansa Suurilta järviltä Meksikonlahdelle. Lopulta kenraali Andrew Jackson ja hänen joukkonsa kukistivat creekit, pakottivat heidät luovuttamaan 23 miljoonaa hehtaaria maata Yhdysvalloille ja saivat heidät hallintaansa.
Flint- ja Chattahoochee-jokien välissä oleva maa myytiin nopeasti maanviljelyä tavoitteleville uudisasukkaille. Vuoteen 1860 mennessä Georgian osavaltiota pidettiin maailman suurimpana puuvillantuottajana, ja suuri osa tuotannosta oli peräisin Flint-joen laaksosta. Flint-joki oli olennainen osa alueen puuvillateollisuuden kasvua, sillä se tarjosi mahdollisuuden höyrylaivakuljetuksille. Vuoteen 1860 mennessä Flint-joella oli yli kaksikymmentäkuusi höyrylaivojen rantautumispaikkaa Bainbridgen ja Chattahoocheen risteyksen välillä. Höyrylaivat kulkivat ylävirtaan Montezumaan asti, kunnes Middle Flintin uoma muuttui kulkukelvottomaksi. Bainbridgen alapuolella höyrylaivaliikenne jatkui noin vuoteen 1928 asti, lähinnä puuvillan kuljettamiseksi Apalachicolan satamaan. Sillä välin jokea pitkin kulki lukuisia lauttoja, jotka mahdollistivat kuljetukset jokirantojen välillä. Itse asiassa viimeinen lautta Flintin yli Marshallvillen lähellä oli toiminnassa vuoteen 1988 asti.
Sisällissodan (1861-65), maaperän eroosion, sulkasääsken ja 1930-luvun suuren laman yhteisvaikutukset tuhosivat Flintin alueen viljelijöitä. Alueen maataloustuotanto kasvoi siten, että se sisälsi maapähkinöitä, soijapapuja, vihanneksia ja vehnää sekä lypsylehmiä, nautoja ja sikoja tulomahdollisuuksien laajentamiseksi. Maatalous kukoistaa edelleen Flintin altaassa, ja sen vesien käyttö kasteluun sekä muut vaikutukset joen terveyteen ovat näkökohtia vielä nykyäänkin.
1960-luvulla Yhdysvaltain armeijan insinöörijoukot tutkivat mahdollisuutta rakentaa pato Sprewell Bluffiin lähellä Thomastonia. Huolimatta padotuskäytännön suosiosta koko maassa tuohon aikaan, silloinen kuvernööri Jimmy Carter torjui padon vuonna 1974 veto-oikeudellaan. Vaikka tämä päätös oli tuolloin järkyttävä, se osoittautui viisaaksi jokien terveyden kannalta, ja sitä voidaan pitää mallina nykyisissä keskusteluissa Flint-joen patoamisen vaikutuksista tänä päivänä.
Flintt-joki ei ole ollut vieras katastrofeille vuosien varrella, sillä useat trooppiset myrskyt ovat osoittautuneet tuhoisiksi alueella erityisesti viime vuosina. Heinäkuussa 1994 trooppinen myrsky Alberto pysähtyi Länsi-Georgian ylle. Miljoonien litrojen valumavedet Atlantan kaupungista ja valtavat sateet Lounais-Georgiassa saivat Montezuman ja Newtonin veden alle ja aiheuttivat Albanyn historian pahimman tulvan. Lukuisat Flintin altaan piirikunnat julistettiin liittovaltion katastrofialueiksi; ainakin kolmekymmentäyksi ihmistä kuoli, joista viisitoista Americuksessa ja neljä Albanyssa. Albanyn toinen tulva maaliskuussa 1998 sai aikaan suunnitelmat padon rakentamisesta, joista kiistellään edelleen.
Laaja kuivuus kesästä 1998 alkuvuoteen 2009 asetti Lower Flintin erityisen vaaraan sen matalan pohjavesiputken vuoksi. Vuonna 2000 yleiskokous hyväksyi kiistanalaisen Flint River Drought Protection Act -lain, jonka tarkoituksena on säilyttää joen vähimmäisvirtaama maksamalla Lounais-Georgian maanviljelijöille siitä, että he eivät kastele maitaan alueen puroista vakavina kuivuusvuosina.
Tammikuussa 2002 lentoaseman viemäriputki tukkeutui, minkä seurauksena lentoaseman kiitoradalta peräisin olevat jäänestonesteet valuivat Flint-jokeen. Tämän seurauksena etyleeniglykolia ja propyleeniglykolia havaittiin pieniä määriä juomavedessä, joka otettiin alajuoksulla sijaitsevasta Fayetten piirikunnasta. Putki korjattiin ja vakuutettiin, että pitoisuudet eivät olleet haitallisia.