Valikoivalla hakkuulla tarkoitetaan käytäntöä, jossa vain yksi tai kaksi puulajia poistetaan tietyltä alueelta. Kuten aiemmin mainittiin, valikoiva hakkuu on tehokkaampi menetelmä verrattuna raivaushakkuuseen, mutta sillä on silti kielteisiä vaikutuksia. Valikoiva hakkuu Amazonin sademetsissä on siirtynyt yhden tai kahden puulajin vähäisestä hakkuusta järjestelmään, jossa voidaan hakata useita puulajeja ja joka pysyy kannattavana. Se on yksi monista maankäyttömuodoista Amazonin kehittyvillä raja-alueilla. Tämän teollisuudenalan kasvu ei kuitenkaan korreloi tehokkaan hoidon ja parempien korjuutekniikoiden kanssa. Vaikka metsänhoidossa on monia edistysaskeleita, kuten vähentyneen vaikutuksen hakkuita (Reduced Impact Logging, RIL), niitä ei ole otettu laajalti käyttöön. Useat syyt siihen, miksi haitallisia valikoivia hakkuutekniikoita suositaan RIL:n sijaan, ovat muun muassa seuraavat: epäselvästi määritellyt omistusoikeudet, korkeat valtion transaktiokustannukset ja metsänhoitotekniikoita koskevan tiedon puute. RIL vaikuttaa myös puiden uudistumiseen, koska se luo pienempiä latvusaukkoja, jotka rajoittavat luonnollista valoa, jota uudistuvat puut tarvitsevat selviytyäkseen.
Kaksi tapaa saada lupa metsien hakkuisiin Brasilian Amazonissa ovat politiikan säätelemät metsänhoitosuunnitelmat ja metsänhakkuut. Näiden lupien kautta kirjattiin lähes 15 miljoonaa kuutiometriä puuta vuosina 2000-2004, mutta vuosina 1998-2004 kirjattiin yli 24 miljoonaa kuutiometriä (850×106 cu ft). Suuri osa näiden vuosien tuotannosta oli peräisin laittomista hakkuista. Laiton puunkorjuu johtaa valtion veromenetyksiin ja huonoon taloudelliseen edistymiseen puunkorjuuseen liittyvillä aloilla. Lisäksi laittomat hakkuut johtavat metsien köyhtymiseen, biologisen monimuotoisuuden häviämiseen ja tulipalojen todennäköisyyden lisääntymiseen.
Kaikkien hakkuutoimien hakkuiden intensiteetillä on suora vaikutus ekologiseen edistymiseen. Aluksi metsien latvuspeite vähenee valikoivien hakkuiden seurauksena, mikä johtaa metsien kasvun, hydrologisten prosessien ja ravinnonsaannin hidastumiseen. Sen lisäksi, että valikoivat hakkuut muuttavat metsien rakennetta, ne muuttavat myös hiilen kiertokulkua ja muita keskeisiä biogeokemiallisia prosesseja, jotka auttavat hallitsemaan ja ylläpitämään metsien tuottavuutta. Valikoivien hakkuiden vaikutukset voidaan jakaa kolmeen pääkomponenttiin, jotka ovat hakkuutoimien aiheuttamat maastovauriot, latvuston aukko-osuuden ajalliset muutokset kussakin maastovaurioluokassa ja kaadettujen puiden aiheuttamat ajalliset muutokset aukko-osuudessa. Latvuston aukko-osuus on useiden mittakaavariippuvaisten biofysikaalisten ominaisuuksien integroitu vaikutus, joka antaa tietoa latvuston avoimuudesta valikoivien hakkuiden jälkeen. Polut ovat suurin maastovaurioiden aiheuttaja, mutta tukkikannet ja tiet olivat pieniä osia kaikista maastovaurioista. Eri hakkuumenetelmät ja -tekniikat johtavat kuitenkin erilaisiin pohjavahinkotasoihin. Samankaltaisista korjuumenetelmistä huolimatta tavanomaiset hakkuumenetelmät aiheuttavat enemmän maastovaurioita kuin vähennetyn vaikutuksen hakkuumenetelmät.
Valikoiva puunkorjuu on yksi monista maankäyttömuodoista Brasilian Amazonilla, mutta se myös lisää ihmisten pääsyä metsiin kehittämällä lukuisia hakkuusteitä. Nämä tiet mahdollistavat helpomman pääsyn hakkuukohteisiin, mutta helpottavat myös metsästäjien pääsyä metsämaille, mikä vähentää metsän biologista monimuotoisuutta. Lisäksi hakkuita tehdään todennäköisimmin näiden teiden läheisyydessä, koska helpompi pääsy mahdollistaa suuremman voiton. Tämä johtaa suuriin aukko-osuuksiin ja runsaaseen metsäkatoon. Metsäkadon todennäköisyys on väistämättä suurempi huonosti hoidetuissa valikoivissa metsähakkuissa kuin metsissä, joissa niitä ei ole. Nämä kasvavat latvusaukot johtavat metsän rappeutumiseen ja paloalttiuden lisääntymiseen. Metsän pirstoutuminen on myös seurausta metsän voimakkaista hakkuista. Hakkuiden vaikutukset Brasilian Amazonissa johtavat metsien pirstoutumiseen, kun uusia metsäalueita tuotetaan joko hakkuita tai valikoivia hakkuita varten.
Lähes puolet Amazonin valikoivista hakkuista oli laittomia 2000-luvun alussa. Koska suuri osa hakkuukäytännöistä oli sääntelemättömiä, suuret vahingot aiheuttavat louhintatoimet tekivät metsämaan alttiiksi kuivuudelle ja tulipaloille. Hiljattain hakatuissa metsissä latvuksen aukkojen osuudet ovat suurimmat tukkikansissa, mutta kokonaisvaikutus metsän aukkojen osuuteen on kuitenkin mitätön, koska kansien pinta-ala on pieni.