Ylikalastus ja kaivostoiminnan, laiduntamisen ja puunkorjuun aiheuttama elinympäristöjen tuhoutuminen ovat supistaneet niiden levinneisyysaluetta, ja populaatiotiheyksiä on pienentänyt kilpailu muiden kuin kotoperäisten puro-, ruskea- ja kirjolohien kanssa sen jälkeen, kun nämä istutettiin alueelle 1800-luvun lopulla ja 1900-luvun alussa. Vakavimmat tämänhetkiset uhat alalajille ovat kuitenkin risteytyminen alueelle tuotujen kirjolohien kanssa (jolloin syntyy kirjolohia) Greater Yellowstonen ekosysteemissä, Yellowstonen kansallispuiston Yellowstone- ja Heart-järvissä esiintyvät järvitaimenet, jotka saalistavat enintään 15 tuuman pituisia kirjolohitaimenia, sekä useat pyörremyrskyn tautitapaukset tärkeimmissä kutujokien sivujoissa.
Vaikka järvitaimenet asettuivat Shoshonen ja Lewisin järviin Snake-joen valuma-alueella U.Yhdysvaltain hallituksen istutustoimista vuonna 1890, niitä ei koskaan virallisesti istutettu Yellowstone-joen valuma-alueelle, ja niiden esiintyminen siellä on todennäköisesti seurausta vahingossa tapahtuneista tai laittomista istutuksista.
Jaksoittainen kuivuus Yellowstonen alueella saa useat kutujoet kuivumaan loppukesällä, mikä estää kirjolohen poikasia vaeltamasta Yellowstone-järveen ja tekee niistä helpon saaliin petoeläimille, kuten lokkeille ja pelikaaneille. Nämä uhat ovat vähentäneet merkittävästi katiskakantoja Yellowstone-järvessä ja Yellowstone-joen viereisissä osissa. Tällä hetkellä vahvimmat katiskakannat sijaitsevat Yellowstone-joen Grand ja Black Canyonissa sekä Yellowstonen suurimmassa sivujoessa Yellowstone Parkissa, Lamar-joessa ja sen sivujoissa. Ympäristöaktivistit yrittivät vielä vuonna 2004 saada U.S. Fish and Wildlife Service -virastoa sisällyttämään alalajin uhanalaisten lajien luetteloon, mutta virasto ei hyväksynyt sitä vedoten todisteisiin siitä, että tämän alalajin säilymisen varmistamiseksi on jo toteutettu merkittäviä toimia. Kaikki Yellowstonen kansallispuistosta pyydetyt taimenet on vapautettava. Kansallispuiston ulkopuolella oleviin populaatioihin sovelletaan erilaisia säännöksiä, jotka riippuvat puron tai vesistön sijainnista.