« Je n’avais aucun intérêt à gagner de l’argent (directement) sur les hashtags. Ils sont nés de l’Internet, et ne devraient être la propriété de personne. La valeur et la satisfaction que je retire de voir mon drôle de petit hack utilisé aussi largement qu’il l’est aujourd’hui sont suffisamment précieuses pour que je sois soulagé d’avoir eu la clairvoyance de ne pas essayer de verrouiller cette idée stupidement simple mais efficace. » Chris Messina, expliquant pourquoi il n’a pas breveté le hashtag
Les campagnes sociales ont commencé à être titrées sous forme de hashtag. L’Union internationale des télécommunications a approuvé en novembre 1988 une recommandation qui plaçait le signe dièse à droite du 0 dans la disposition des boutons poussoirs des téléphones. Cette même disposition est encore utilisée aujourd’hui dans la plupart des téléphones logiciels (voir le composeur Android par exemple). La recommandation de l’UIT proposait deux options de conception pour le dièse : une version européenne où le signe dièse était construit avec un angle de 90 degrés et une version nord-américaine avec un angle de 80 degrés. La version nord-américaine semble avoir prévalu, car la plupart des signes diagonaux en Europe suivent désormais une inclinaison de 80 degrés.Le dièse a été adopté pour être utilisé dans les réseaux IRC vers 1988 pour étiqueter les groupes et les sujets. Les canaux ou les sujets qui sont disponibles sur l’ensemble d’un réseau IRC sont préfixés par un symbole dièse (par opposition à ceux qui sont locaux à un serveur, qui utilisent une esperluette).HTML a utilisé # comme identifiant de fragment depuis le tout début du World-Wide Web (vers 1993).
L’utilisation du signe dièse dans IRC a inspiré Chris Messina à proposer un système similaire à utiliser sur Twitter pour étiqueter les sujets d’intérêt sur le réseau de microblogging. Il a publié le premier hashtag sur Twitter. La suggestion de Messina d’utiliser le hashtag n’a pas été adoptée par Twitter, mais la pratique a pris de l’ampleur après que les hashtags aient été largement utilisés dans les tweets relatifs aux incendies de forêt de San Diego en Californie du Sud en 2007. Selon Messina, il a suggéré l’utilisation du hashtag pour faciliter la recherche de contenu et la découverte de mises à jour spécifiques pertinentes pour les utilisateurs « profanes », qui ne disposent pas des connaissances technologiques nécessaires pour naviguer sur le site. Par conséquent, le hashtag « a été créé organiquement par les utilisateurs de Twitter comme un moyen de catégoriser les messages. » Aujourd’hui, ils permettent à quiconque, avec ou sans connaissances techniques, d’imposer facilement suffisamment d’annotation pour être utile sans avoir besoin d’un système plus formel ou d’adhérer à de nombreux détails techniques.
A l’échelle internationale, le hashtag est devenu une pratique de style d’écriture pour les messages Twitter pendant les manifestations électorales iraniennes de 2009-2010 ; les utilisateurs de Twitter à l’intérieur et à l’extérieur de l’Iran ont utilisé des hashtags en anglais et en persan dans les communications pendant les événements. La première utilisation publiée du terme « hash tag » se trouve dans un billet de blog de Stowe Boyd, « Hash Tags = Twitter Groupings », le 26 août 2007, selon le lexicographe Ben Zimmer, président du comité des mots nouveaux de l’American Dialect Society.
Depuis le 2 juillet, 2009, Twitter a commencé à établir un lien hypertexte entre tous les hashtags dans les tweets et les résultats de recherche Twitter pour le mot hashtagué (et pour l’orthographe standard des mots couramment mal orthographiés). En 2010, Twitter a introduit les « Trending Topics » sur la page d’accueil de Twitter, affichant les hashtags qui deviennent rapidement populaires. Twitter dispose d’un algorithme pour s’attaquer aux tentatives de spammer la liste des sujets en vogue et s’assurer que les hashtags tendent naturellement.
Bien que le hashtag ait commencé à être le plus populaire sur Twitter, principale plateforme de médias sociaux pour cet usage, l’utilisation s’est étendue à d’autres sites de médias sociaux, notamment Instagram, Facebook, Flickr, Tumblr et Google+.