Personnel associé :
- Kate Reardon, microbiologiste de recherche
- Katherine Son, technicienne en sciences physiques
- Vacant, associée de recherche, microbiologiste (sols)
- Vacant, technicienne de laboratoire
- Scientifiques de l’ARS-SWCR
Collaborateurs :
- Mark Mazzola, USDA-ARS Tree Fruit Research Lab, Wenatchee, WA
- David Brown, Washington State University, Pullman, WA
- Kristin Trippe, USDA-ARS Forage Seed and Cereal Research, Corvallis, OR
- Dick Smiley, Université d’Etat de l’Oregon, Adams, OR
- Marion Brodhagen, Université Western Washington, Bellingham, WA
- Jeff McLean, Institut J. Craig Venter Institute, La Jolla, CA
Projets de recherche actuels
Les microbes du sol contribuent de manière significative au cycle des nutriments et à la disponibilité de l’azote dans les sols agricoles. Mes recherches portent sur la façon dont les stratégies de gestion des cultures ont un impact sur les communautés microbiennes indigènes du sol et sur l’influence des systèmes de culture sur la dynamique de l’azote et du carbone. Afin de comprendre ces effets, nous utilisons des techniques moléculaires pour quantifier et identifier les microbes, notamment les bactéries, les champignons, les archées et les nématodes, qui jouent un rôle important dans le cycle des nutriments dans les sols agricoles. Nous analysons également les changements dans l’abondance des gènes nécessaires à certaines fonctions microbiennes, comme le cycle de l’azote. En analysant les gènes fonctionnels, comme le gène codant pour l’ammoniac monooxygénase qui catalyse la première étape de la conversion de l’ammoniac en nitrite, nous pouvons émettre des hypothèses sur la façon dont les stratégies de gestion telles que la rotation des cultures ou la fertilisation azotée ont un impact sur l’oxydation microbienne de l’ammoniac.
Les capacités de biologie moléculaire sont nouvelles pour le programme de microbiologie de l’USDA-ARS à Pendleton et comprennent actuellement l’extraction d’ADN/ARN, l’électrophorèse sur gel, la PCR (réaction en chaîne par polymérase), la PCR quantitative, le T-RFLP (pour déterminer les changements dans la diversité microbienne, le polymorphisme de longueur des fragments de restriction terminaux), le séquençage de l’ADN et la quantification de l’ADN/ARN en utilisant la fluorescence ou un Bioanalyseur.