Nova a été critiqué pour ne pas toujours évaluer les auteurs par le biais du processus d’examen académique par les pairs et pour republier d’anciens chapitres de livres du domaine public et des rapports gouvernementaux librement accessibles à des prix élevés. Ces critiques ont incité le bibliothécaire Jeffrey Beall à écrire qu’à son avis Nova Science Publishers se situait dans le « bas de l’échelle » des éditeurs.
Une enquête récente sur les bases de données nationales et internationales des éditeurs de livres savants (y compris le Book Citation Index, Scopus, CRIStin, JUFO, VIRTA et SPI) a identifié Nova comme faisant partie d’un « noyau d’éditeurs qui sont indexés dans les cinq » systèmes d’information étudiés. Ce « noyau » contenait 46 des 3 765 éditeurs identifiés.
Dans un rapport de 2011 portant sur vingt-et-un éditeurs internationaux de livres de sciences sociales qui déterminait la pénétration sur les marchés internationaux et la mention des livres dans les systèmes d’indexation scientifiques internationaux tels que Cambridge Scientific Abstracts, Nova Science Publishers se classait 17e sur 21. Dans une étude de 2017 sur le classement des éditeurs de livres, Nova Science Publishers se classait en tête pour le nombre de livres publiés, mais presque en queue de peloton pour le nombre de citations par livre. Un rapport de 2018 du même auteur indique maintenant que Nova se classe dans la moitié supérieure des 51 pour 1.la position globale de l’entreprise ; 2.l’entreprise en tant que facteur sur le marché ; 3.l’impact de l’entreprise sur le débat politique et économique mondial ; 4.la distribution réussie de best-sellers ; 5. l’impact sur la communauté savante ; 6.la distribution réussie de la production à plus de 50 bibliothèques mondiales Worldcat ; 7.la production au cours des 5 dernières années ; 8. la qualité académique exceptionnelle. Mais aussi depuis 2018, Nova a été retiré de la liste norvégienne des canaux de publication scientifique approuvés (Norwegian Register for Scientific Journals, Series and Publishers).