En 1589, Paris est effectivement aux mains de la Ligue catholique. Pour y échapper, Henri IV de France convoqua le parlement de Paris à Tours, mais seule une petite faction de ses parlementaires accepta la convocation. (Henri a également tenu un parlement à Châlons, ville restée fidèle au roi, connu sous le nom de Parlement de Châlons). Après l’assassinat du roi par le frère laïc dominicain Jacques Clément, le « Parlement de Tours » continue de siéger pendant les premières années du règne d’Henri IV de France. Les membres royalistes des autres parlements provinciaux se sont également séparés – les membres royalistes du Parlement de Rouen ont fait sécession avec Caen, ceux du Parlement de Toulouse avec Carcassonne, et ceux du Parlement de Dijon avec Semur et Flavigny.
Le Parlement de Paris a joué un rôle majeur en stimulant la noblesse à résister à l’expansion du pouvoir royal par la force militaire dans la Fronde parlementaire, 1648-1649. En fin de compte, le roi Louis XIV l’emporta et la noblesse fut humiliée.
Lors d’une séance du Parlement de Paris le 3 mars 1766 connue sous le nom de la Séance de la Flagellation, Louis XV affirma que le pouvoir souverain ne résidait que dans sa personne.