Cas 1
Un patient atteint d’un cancer de l’œsophage qui a été diagnostiqué comme S. haliotis pulmonary inflammation.
Un patient masculin de 68 ans a été admis à l’hôpital populaire de la ville de Liaocheng, en Chine, le 24 juillet 2016, en raison d’une « hématémèse pendant 4 heures ». Il avait été diagnostiqué avec l’opération du cancer de l’œsophage depuis plus de 2 ans. Ses examens physiques admis étaient une température corporelle de 36,3 °C, un pouls de 92 battements/min, une respiration de 22 fois/min et une pression artérielle de 135/80 mmHg. L’élargissement non palpable des ganglions lymphatiques bilatéraux du cou et supraclaviculaires, la trachée au milieu, la symétrie pectorale, les cicatrices visibles au niveau du thorax droit, le son de percussion clair au niveau du double poumon, l’auscultation du son de respiration grossier, l’absence de râles secs et humides, le rythme régulier, l’absence de douleur à la percussion dans la région des reins, la négativité de l’émoussement et les bruits intestinaux de 3 fois/min. Son diagnostic d’admission était un cancer de l’œsophage après opération et une hypertension. A l’admission, les examens auxiliaires ont été effectués pour déterminer la source de l’hématémèse. La gastroscopie indolore a été réalisée, mais aucune anomalie évidente n’a été observée. L’examen bronchoscopique indolore a révélé une hémorragie du segment basal postérieur du lobe inférieur gauche. La pathologie par brossage n’a indiqué aucune cellule tumorale évidente. La tomodensitométrie thoracique et abdominale améliorée a montré qu’il avait une chirurgie de l’oesophage, une bronchite et un emphysème, des nodules du lobe moyen du poumon droit, des lésions interstitielles du lobe supérieur droit et du lobe inférieur gauche et une inflammation du lobe inférieur du poumon gauche. Il a reçu des médicaments (3 g de céfopérazone/sulbactam ont été administrés deux fois par jour pendant 6 jours) et une thérapie anticancéreuse, anti-inflammatoire, de réhydratation et d’hémostase. Après six jours de traitement, ses symptômes se sont améliorés et le patient est sorti de l’hôpital.
Le liquide de lavage broncho-alvéolaire (LBA) a été prélevé lors d’un examen bronchoscopique indolore et le nombre de cellules était supérieur à 104 cfu/ml. L’échantillon a été ensemencé en stries sur un milieu de gélose au sang pour la culture bactérienne. Les souches présentant des caractéristiques phénotypiques différentes sur les plaques de sang ont été isolées et identifiées comme étant S. algae, Escherichia coli et Klebsiella pneumoniae par le système VITEK 2 en utilisant la carte ID-GN (boiMérieux). Comme seules deux espèces de Shewanella, S. putrefaciens et S. algae, étaient enregistrées dans la base de données du système VITEK 2, la séquence du gène de l’ARNr 16S a été amplifiée par une PCR décrite précédemment . Le produit de la PCR a été séquencé et la séquence nucléotidique a été déposée à GenBank, sous le numéro d’accession MF589233. L’analyse BLAST de la séquence du gène de l’ARNr 16S à GenBank a montré une similarité de 99,0 % avec la souche type de S. haliotis DW01 (numéros d’accession NR_117770.1). Une analyse phylogénétique supplémentaire avec toutes les séquences types des espèces de Shewanella disponibles dans la base de données GenBank, a confirmé que la souche a été identifiée comme une espèce de S. haliotis (LC2016-1 dans la figure 1).
Arbre phylogénétique construit par la méthode de jonction par voisinage sur la base des séquences nucléotidiques du gène de l’ARNr 16S. L’arbre phylogénétique a été construit à partir d’un alignement de 1427 nt et toutes les souches types connues de l’espèce Shewanella ont été incluses. Les nombres aux nœuds indiquent les valeurs bootstrap (pourcentage de 1000 répliques). Barre, 10 substitutions par position nucléotidique. Les caractères gras indiquent les souches des cas I et II. Les numéros d’accession GenBank des séquences du gène de l’ARNr 16S étaient entre parenthèses. Le triangle noir était composé de cinquante-quatre espèces de Shewanella. Les noms des espèces et les numéros d’accession à la GenBank des séquences du gène de l’ARNr 16S ont été répertoriés dans le fichier additionnel 1 : Tableau S1
Pour confirmer davantage la composition et la richesse de la communauté bactérienne de la LBA, l’échantillon a été soumis au séquençage de l’amplicon de l’ARNr 16S. Le résultat a indiqué que la composition de la communauté bactérienne comprenait les genres Shewanella (88,34%), Escherichia (11,11%) et Streptococcus (0,38%), et autres, alors que la majorité des genres était Shewanella.
Les tests de sensibilité aux antibiotiques ont été effectués par la méthode de microdilution sur le bouillon Mueller-Hinton. La souche était sensible à la pipéracilline/tazobactam (concentration minimale inhibitrice, CMI : 8 μg/ml), la ceftazidime (1 μg/ml), le céfépime (1 μg/ml), l’amikacine (2 μg/ml), la gentamicine (1 μg/ml), l’imipénème (4 μg/ml), le méropénème (4 μg/ml), mais était résistante à la ciprofloxacine (8 μg/ml) et à la lévofloxacine (8 μg/ml).
Cas 2
Un patient atteint d’un cancer gastrique qui a été diagnostiqué comme une bactériémie à S. algae.
Un homme de 56 ans a été admis à l’hôpital populaire de la ville de Liaocheng, en Chine, le 6 octobre 2016, en raison d’un « inconfort de douleurs abdominales supérieures depuis 1 mois ». Son examen physique d’admission comprenait une température corporelle de 36,1 degrés, un pouls de 72 battements/min, une respiration de 18 fois/min et une pression artérielle de 140/90 mmHg. Détection d’une hypertrophie non palpable des ganglions lymphatiques bilatéraux du cou et supraclaviculaires, abdomen plat, aucune onde gastro-intestinale ou péristaltique n’a été observée. Des muscles abdominaux mous, une légère sensibilité dans la partie supérieure de l’abdomen et aucune douleur de rebond évidente ont été signalés. Son foie et sa rate ne se touchaient pas sous la côte et aucune masse palpable n’a été découverte. L’examen rectal n’a révélé aucune anomalie et les bruits intestinaux étaient normaux. Le gastroscope a suggéré des lésions ulcéreuses visibles au niveau du cardia impliquant le fond gastrique et le corps gastrique. Les résultats pathologiques ont indiqué un adénocarcinome. Ses diagnostics d’admission étaient le cancer gastrique et l’hypertension.
A l’admission, les examens auxiliaires ont été effectués le 9 octobre 2016. La laparoscopie a indiqué qu’il était au stade tardif des tumeurs sans résection radicale. Il a ensuite reçu une chimiothérapie intraveineuse et intrapéritonéale, suivie d’une grave suppression de la moelle osseuse avec des cellules sanguines et des plaquettes nettement inférieures à la normale. Il a bénéficié d’un traitement complémentaire d’anti infection, de soutien nutritionnel, de réhydratation, de stimulation de la granulopoïèse et de traitement symptomatique. Le 26 octobre 2016, les patients avaient un essoufflement, une fréquence cardiaque et d’autres symptômes avec des bruits respiratoires pulmonaires rugueux, et pas de râles, des membres froids. Il a été considéré l’existence d’un choc septique. Il a bénéficié d’une ventilation mécanique non invasive et d’une expansion liquidienne, de colloïdes, de produits de transfusion sanguine, d’anti-infectieux (1 g d’imipenem a été administré toutes les 8 h pendant 7 jours), de maintien de la circulation, de suppression de l’acidité, de protection du foie, de soutien nutritionnel, de maintien de l’équilibre hydro-électrolytique acide-base, de surveillance de la pression artérielle, de la fréquence cardiaque, de la fonction respiratoire, du volume horaire d’urine et du saignement. Le patient souffrait d’une infection sévère, et de la présence d’un syndrome de dysfonctionnement de plusieurs organes (respiration, circulation, gastro-intestinal, sang et reins). Le patient et les membres de sa famille ont demandé une décharge automatique pour les soins palliatifs. Ses diagnostics de décharge étaient le syndrome de dysfonctionnement d’organes multiples (respiratoire, circulatoire, gastro-intestinal, sanguin et rénal), le cancer gastrique et l’hypertension.
Après l’apparition du choc septique, son hémoculture a été échantillonnée pour séparer les bactéries. La croissance microbienne a été détectée dans les deux flacons anaérobies et aérobies et le temps de rapport positif était de 8,1 et 11,9 h, respectivement. Les deux flacons ont donné un bacille Gram-négatif uniforme. Après 24 h d’incubation, des colonies jaunes hémolytiques et positives à l’oxydase ont poussé sur la gélose au sang. La souche a été identifiée comme étant S. putrefaciens par le système VITEK 2 en utilisant la carte ID-GN (boiMérieux). La séquence du gène de l’ARNr 16S de la souche a été déposée à la GenBank (numéro d’accession : MF589234). L’analyse BLAST à GenBank a montré une similarité de 100,0% avec la souche VITVAGJ de S. upenei (numéros d’accession KP090164.1). Une analyse phylogénétique plus poussée avec toutes les séquences types des espèces de Shewanella disponibles dans la base de données GenBank a confirmé l’appartenance de la souche à l’espèce S. upenei (LC2016-5 sur la figure 1). Le jour du prélèvement sanguin, son liquide de drainage péritonéal a également été prélevé et mis en culture selon les mêmes méthodes d’identification, et les résultats de l’identification bactérienne et de la sensibilité aux médicaments étaient cohérents avec ceux du sang.
Les tests de sensibilité aux antibiotiques ont été réalisés par la méthode de microdilution sur bouillon Mueller-Hinton. La souche était sensible à l’aztréonam (1 μg/ml), la ceftazidime (1 μg/ml), le céfépime (1 μg/ml), l’amikacine (2 μg/ml), gentamicine (1 μg/ml) et la lévofloxacine (1 μg/ml), mais était intermédiaire par rapport à l’imipénème (8 μg/ml), la pipéracilline/tazobactam (64 μg/ml) et la ciprofloxacine (2 μg/ml).