Comme les autres tags à courte affinité (His-tag, FLAG-tag), le Strep-tag peut être facilement fusionné à des protéines recombinantes lors du sous-clonage de son ADNc ou de son gène. Pour son expression, divers vecteurs pour différents organismes hôtes (E. coli, levure, insecte et cellules de mammifères) sont disponibles. Un avantage particulier du Strep-tag est sa taille plutôt petite et le fait qu’il est biochimiquement presque inerte. Par conséquent, le repliement ou la sécrétion des protéines n’est pas influencé et il n’interfère généralement pas avec la fonction des protéines. Strep-tag est particulièrement adapté à l’analyse des protéines fonctionnelles, car la procédure de purification peut être maintenue dans des conditions physiologiques. Cela permet non seulement d’isoler des protéines sensibles à l’état natif, mais il est également possible de purifier des complexes protéiques intacts, même si une seule sous-unité porte le tag.
Dans la première étape du cycle de purification Strep-tag, le lysat cellulaire contenant la protéine de fusion Strep-tag est appliqué sur une colonne avec de la Strep-Tactine immobilisée (étape 1). Une fois que la protéine marquée s’est spécifiquement liée à la Strep-Tactine, une courte étape de lavage avec un tampon physiologique (par exemple PBS) élimine toutes les autres protéines hôtes (étape 2). Ceci est dû à son extraordinaire faible tendance à lier les protéines de manière non spécifique. Ensuite, la protéine de fusion Strep-tag purifiée est éluée en douceur avec une faible concentration de desthiobiotine, qui concurrence spécifiquement la poche de liaison de la biotine (étape 3). Pour régénérer la colonne, la desthiobiotine est éliminée par application d’une solution contenant du HABA (un colorant azoïque jaune). L’élimination de la desthiobiotine est indiquée par un changement de couleur du jaune-orange au rouge (étape 4+5).Enfin, la solution de HABA est lavée avec un petit volume de tampon de fonctionnement, rendant ainsi la colonne prête à être utilisée pour le prochain cycle de purification.