Germinația hipogeală implică faptul că cotiledonii rămân sub pământ. Epicotilul (partea tulpinii de deasupra cotiledonului) crește, în timp ce hipocotilul (partea tulpinii de sub cotiledon) rămâne la fel de lung. În acest fel, epicotiledonul împinge plămădeala deasupra solului.
În mod normal, cotiledonul este cărnos și conține mulți nutrienți care sunt folosiți pentru germinare.
Pentru că cotiledonul rămâne sub pământ, el este mult mai puțin vulnerabil, de exemplu, la înghețul nocturn sau la pășunat. Strategia evolutivă constă în faptul că planta produce un număr relativ mic de semințe, dar fiecare sămânță are o șansă mai mare de supraviețuire.
Plantele care prezintă germinație hipogeală au nevoie de relativ puțini nutrienți externi pentru a se dezvolta, de aceea sunt mai frecvente pe soluri sărace în nutrienți. De asemenea, plantele au nevoie de mai puțină lumină solară, așa că pot fi întâlnite mai des în mijlocul pădurilor, unde există multă concurență pentru a ajunge la lumina soarelui.
Plantele care prezintă germinație hipogeală cresc relativ încet, în special în prima fază. În zonele care sunt inundate în mod regulat, ele au nevoie de mai mult timp între inundații pentru a se dezvolta. Pe de altă parte, ele sunt mai rezistente atunci când are loc o inundație. După prima fază mai lentă, planta se dezvoltă mai repede decât plantele care prezintă germinație epigeeală.
Este posibil ca în cadrul aceluiași gen o specie să prezinte germinație hipogeală, în timp ce o altă specie prezintă germinație epigeeală. Unele genuri în care se întâmplă acest lucru sunt:
- Phaseolus: fasolea alergătoare (Phaseolus coccineus) prezintă germinație hipogeală, în timp ce fasolea comună (Phaseolus vulgaris) prezintă germinație epigeală
- Lilium: a se vedea tipurile de germinație a semințelor de crin
- Araucaria: speciile din secțiunea Araucaria prezintă germinație hipogeală, în timp ce speciile din secțiunea Eutacta prezintă germinație epigeală