A 18S rRNS kis alegység (SSU) génje az egyik leggyakrabban használt gén a filogenetikai vizsgálatokban, és fontos marker a véletlen célzott polimeráz láncreakció (PCR) környezeti biodiverzitás szűrésében. Az rRNS-gén szekvenciákhoz általában könnyű hozzáférni az erősen konzervált kísérő régióknak köszönhetően, amelyek lehetővé teszik univerzális primerek használatát. A genomon belüli ismétlődő elrendeződésük még a legkisebb organizmusokban is túlzott mennyiségű templát-DNS-t biztosít a PCR-hez. A 18S gén a riboszóma funkcionális magjának része, és minden élőlényben hasonló szelekciós erőknek van kitéve. Ezért amikor az első nagyszabású, 18S-szekvenciákon alapuló filogenetikai vizsgálatokat publikálták (pl. Field és munkatársai, 1988), a gént úgy ünnepelték, mint a metazoák életfájának rekonstrukciójának első számú jelöltjét. A 18S-szekvenciák később bizonyítékot szolgáltattak az Ecdysozoa és a Lophotrochozoa kládok (egy közös ősből és annak összes lineáris leszármazottjából álló monofiletikus élőlénycsoport) kettéválására, hozzájárulva ezzel a metazoák kapcsolatainak megértésében bekövetkezett legutóbbi forradalmi változáshoz.
A 2000-es évek második felében és a molekuláris filogeniákba bevont taxonok számának növekedésével azonban két probléma vált nyilvánvalóvá. Először is, bizonyos taxonok képviselőinél, mint például a Solenogastres és Tryblidia puhatestű-osztályok, kiválasztott kéthéjú kagylós taxonok és a rejtélyes rákfélék Remipedia osztályának képviselőinél uralkodó szekvenálási akadályok vannak. Az egyes taxonok 18S-szekvenciáinak elmaradása gyakori jelenségnek számít, de csak ritkán számolnak be róla. Másodszor, a kezdeti nagy reményekkel ellentétben a 18S nem képes minden taxonómiai szinten feloldani a csomópontokat, és hatékonysága jelentősen változik a kládok között. Ezt a rövid időn belüli gyors ősi radiáció hatásaként vitatták meg. Jelenleg úgy gondolják, hogy a multigén-elemzések megbízhatóbb eredményeket adnak a Metazoa mélyen elágazó eseményeinek nyomon követésére, de a 18S-t még mindig széles körben használják a filogenetikai elemzésekben.