Az extrakorporális lökéshullámos litotripszia és a perkután nefrostolithotómia relatív szerepét jelenleg vitatják. Mindkét kezelési mód alkalmazható a legtöbb felső húgyúti kőre. Van azonban néhány fontos különbség a 2 technika között. Összességében az extrakorporális lökéshullámos litotripszia lényegesen alacsonyabb morbiditással jár, mint a perkután nefrostolithotómia, de a kőmentesség aránya alacsonyabb az extrakorporális lökéshullámos litotripszia, mint a perkután nefrostolithotómia esetében. Ez a különbség csekély a minimális kőterhelést tartalmazó vesék esetében, de a kőterhelés növekedésével egyenes arányban nő. Az extrakorporális lökéshullámos litotripszia morbiditása szintén nő a kőterhelés növekedésével. A staghorn-kövek kezelésére alkalmazva a két technika morbiditása hasonló, de a kőmentesség aránya lényegesen jobb a perkután nefrostolithotomia esetében.
Az extrakorporális lökéshullámos litotripsziával végzett kezelés a vesében a vesetraumához hasonló változásokat okoz, amelyek elsősorban intraparenchymalis és perirenalis vérzésből és ödémából állnak. Míg az extrakorporális lökéshullámos litotripszia akut hatásait a legtöbb beteg jól tolerálja, a terápia e formájának hosszú távú következményei nem jól ismertek. A jelentett lehetséges hosszú távú mellékhatások közé tartozik a vesefunkció csökkenése, a magas vérnyomás és az új kövek fokozott előfordulási aránya. A lökéshullámok hatása a vese parenchimára kísérleti állatokban dózisfüggő (a lökéshullámok száma). Az extrakorporális lökéshullámos litotripsziával kezelt betegek mágneses rezonanciás képalkotása az esetek 63-85 százalékában morfológiai eltéréseket mutat a vesében vagy annak környékén (a lökéshullámok átlagos száma 1200). E megfigyelések ellenére az extrakorporális lökéshullámos litotripszia biztonságos határait emberekben még nem állapították meg. E kérdéssel és az extrakorporális lökéshullámos litotripszia lehetséges hosszú távú káros hatásaival kapcsolatban sürgősen további vizsgálatokra van szükség.