A reformáció és az azt követő ellenreformáció a reneszánsz korszak legátfogóbb vallási, társadalmi és politikai átalakulásai közé tartozik. Mindkét mozgalom mélyreható hatást gyakorolt a korszak zenéjére. A protestáns reformációnak a zenére gyakorolt néhány hatását, különösen a Luther Márton által megfogalmazottakat, valójában kicsit később fogjuk megvizsgálni, amikor J. S. Bach kantátáit tanulmányozzuk a barokkban. Egyelőre elég lesz egy áttekintés a reformációról. Ahogy itt olvasol, vedd észre a nyomdagép szerepének és a katolikus egyház válaszának, az ellenreformációnak az említését. A következő oldalon az ellenreformációval és annak a reneszánsz zenére gyakorolt hatásaival, különösen Giovanni Pierluigi da Palestrina zenéjével foglalkozunk.
A protestáns reformáció, amelyet gyakran egyszerűen csak reformációnak neveznek, a nyugati kereszténységen belül Luther Márton, Kálvin János, Huldrych Zwingli és más korai protestáns reformátorok által kezdeményezett szakadás volt.
Noha már Luther előtt is voltak jelentős korábbi kísérletek a római katolikus egyház megreformálására – például Jan Hus, Peter Waldo és John Wycliffe -, Luther Márton az, akiről széles körben elismerik, hogy 1517-ben megjelent Kilencvenöt tézis című művével elindította a reformációt. Luther azzal kezdte, hogy bírálta az engedmények árusítását, és ragaszkodott ahhoz, hogy a pápának nincs hatalma a tisztítótűz felett, és hogy a szentek érdemeiről szóló katolikus tanításnak nincs alapja az evangéliumban. A támadások kiszélesedtek, és számos katolikus tanításra és áhítati gyakorlatra terjedtek ki. Az új mozgalom Németországon belül szinte azonnal szerteágazóvá vált, és Luthertől függetlenül más reformtörekvések is keletkeztek. A legnagyobb csoportosulások a lutheránusok és a kálvinisták, vagyis a reformátusok voltak. A lutheránus egyházak főként Németországban, a Baltikumban és Skandináviában alakultak, míg a reformátusok Franciaországban, Svájcban, Magyarországon, Hollandiában és Skóciában. Az új mozgalom 1547 után, VI. Edward és I. Erzsébet alatt döntően befolyásolta az anglikán egyházat, noha a nemzeti egyházat VIII. Henrik alatt az 1530-as évek elején inkább politikai, mint vallási okokból függetlenítették. A kontinentális Európában is voltak reformációs mozgalmak, amelyeket radikális reformáció néven ismertek, és amelyek az anabaptista, morva és más pietista mozgalmaknak adtak teret.
Noha e változások mögött álló alapvető motiváció teológiai volt, sok más tényező is szerepet játszott, köztük a nacionalizmus felemelkedése, a nyugati skizma, amely aláásta az emberek pápaságba vetett hitét, a Kúria korrupciója és a reneszánsz új műveltsége, amely sok hagyományos gondolatot megkérdőjelezett. Technológiai szinten a könyvnyomtatás elterjedése biztosította az eszközöket a vallási anyagok gyors terjesztéséhez a népnyelvben.
A római katolikus egyház a tridenti zsinat által kezdeményezett ellenreformációval válaszolt. A protestantizmus elleni küzdelemben nagy munkát végzett a jezsuiták jól szervezett új rendje. Általában Észak-Európa, Írország nagy részének kivételével, a protestantizmus befolyása alá került. Dél-Európa római katolikus maradt, míg Közép-Európa heves konfliktusok színtere volt, amelyek a harmincéves háborúban csúcsosodtak ki, és hatalmas pusztítást hagytak maguk után.