Bár Szofja az 1682-es dinasztikus küzdelmek során lépett elő az árnyékból, korábbi hatásai segíthetnek megmagyarázni a régensségbe való felemelkedését. Az előző, 1676-os uralkodóváltáskor Szofia talán bátyja, Fjodor érdekében cselekedett, mivel különböző pletykák léteznek arról, hogy akkor apjához, a haldokló Alekszisz cárhoz könyörgött, hogy ne Pétert nyilvánítsa örökösének. Gyenge természete és rossz egészségi állapota miatt megkérdőjelezték Fjodor képességét Oroszország vezetésére. Szellemi képességei azonban idővel igen szépen fejlődtek, mivel Simeon Polotszkij tanította. III. Fjodor rövid uralkodása (1676-1682) alatt – sok történész szerint – Fjodor valójában “nővére, Szofja protektorátusa alatt uralkodott”. Ahogy a fiatal Fjodor cár egészsége hanyatlani kezdett, egyre több személy emelkedett fel tanácsadójául, és Szofia befolyása folyamatosan csökkent. Kihasználva a helyzetében lévő nők számára soha nem nyitott udvart, kihasználta kapcsolatait, szövetségeseket szerzett, és hivatalosan is tervezte a trón megszerzését. Amikor Fjodor meghalt (1682. május 7-én), Szofia azonnal visszatért a politikai életbe. Részt vett bátyja temetésén, és közben nagy felfordulást okozott. Szofia korában a cár női rokonait távol tartották az udvartól és más politikai szféráktól, és a temetésekre hagyományosan nők nélkül került sor. Szofja berontott a temetésre, ragaszkodott a jelenlétéhez, és egyúttal elindította az események láncolatát, amely a regnálását eredményezte.
A Fjodor és Szofja családja körül csoportosuló Miloszlavszkij-párt kihasználta a Sztrelszkij-felkelést (1682. május 25.), hogy Szofját a hatalom székébe ültesse. Alekszisz cár két felesége révén két családot hagyott maga után, és mind a két ág legalább egy-egy férfi örökössel büszkélkedhetett. Mivel Alekszisz két feleségének klánjai konfliktusban álltak egymással, Szofja tervet dolgozott ki, hogy biztosítsa magának és családjának a hatalmat. A teljes jogú öccse, Iván mint törvényes trónörökös ügyét hirdetve Szofia megpróbálta meggyőzni a pátriárkát és a bojárokat, hogy vonják vissza a Péter megkoronázására vonatkozó közelmúltbeli döntésüket. Ragaszkodva ahhoz, hogy Péter kikiáltása megszegte a monarchikus törvényeket, mivel kihagyta a bátyját, aki a következő lett volna a sorban az uralkodásra, ha nem lett volna alkalmatlan, azt javasolta, hogy Iván és ő maga közösen koronázzák meg a trónt. Miután az udvar gyorsan és egyhangúlag elutasította ezt a javaslatot, Szofia a csüggedt katonai csapathoz, a rétorokhoz fordult segítségért és támogatásért. Iván jogainak igazságtalan elutasítása katalizátorként hatott az amúgy is elégedetlen és csalódott csapatokra. Több probléma, köztük a kíméletlen motivációs taktika és a pihenés hiánya arra késztette a streltsy-t, hogy hevesen szembeszálljon Péter “igazságtalan” megválasztásával. Amikor a harcok abbamaradtak, és Péter életét örökre megpecsételte a Naryshkin rokonai által kiontott vér, a rétorok megvalósították eredeti követeléseiket. 1682. június 25-én a rétorlázadást követően Ioakim pátriárka a hozzá nem értő Ivánt idősebb cárrá (V. Iván), a mindössze kilencéves Pétert pedig ifjabb cárrá koronázta meg. Fjodor halálakor Szofját tartották az uralkodócsalád egyetlen értelmileg érett tagjának, így ő volt a favorit a gyermek Péter és az alkalmatlan Iván helyett a kormányzásra. A Feodor oldalán szerzett politikai és gyakorlati tudását felhasználva Szofia meggyőzte a nemeseket és a pátriárkát arról, hogy képes Oroszországot kormányozni. Ahogyan azt Szofja Fjodor cár halála előtt elintézte, Vaszilij Golicsin lett a tényleges kormányfő, aki a legtöbb politikát végrehajtotta a regnálása alatt.